Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος 3 Ατόμων (WES Trio)

Η Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος 3 Ατόμων (WES Trio) χρησιμοποιεί τεχνολογία αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) για την ανάλυση του συνόλου των εξωνίων που σχετίζονται με σπάνιες και σύνθετες γενετικές διαταραχές, στο γενετικό υλικό τριών συγγενικών ατόμων. Πρόκειται για ολοκληρωμένο γενετικό έλεγχο, σχεδιασμένο ώστε να υποστηρίζει την ακριβή διάγνωση, την εκτίμηση του κινδύνου και την πρόληψη.

Περισσότερες Πληροφορίες

Η Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος 3 Ατόμων (WES Trio) παρουσιάζεται ως μια ολοκληρωμένη, χωρίς προκαθορισμένη υπόθεση, γενετική εξέταση που έχει σχεδιαστεί για την ταυτόχρονη ανάλυση τριών συγγενικών ατόμων, συνήθως του ασθενούς και των δύο βιολογικών γονέων. Αναλύονται οι κωδικοποιητικές για πρωτεΐνες περιοχές περίπου 20.000 γονιδίων του πυρηνικού γονιδιώματος, καθώς και του μιτοχονδριακού DNA, παρέχοντας εκτεταμένη γονιδιωματική κάλυψη. Η προσέγγιση αυτή επιτρέπει την ανίχνευση πολλαπλών τύπων γενετικών παραλλαγών, συμπεριλαμβανομένων σημειακών μεταλλάξεων (SNVs), μικρών εισαγωγών και διαγραφών (indels), καθώς και μεγαλύτερων διαγραφών και διπλασιασμών. Μέσω αυτού του ευρέος φάσματος ανάλυσης, η Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος (WES) καθιερώνεται ως ένα ισχυρό εργαλείο για τον εντοπισμό γενετικών μεταβολών που σχετίζονται με ποικίλους κλινικούς φαινοτύπους.

Το έξωμα (ή exome) αντιπροσωπεύει το τμήμα του γονιδιώματος που είναι υπεύθυνο για την κωδικοποίηση πρωτεϊνών, οι οποίες είναι απαραίτητες για τη φυσιολογική κυτταρική δομή και λειτουργία. Παρόλο που αποτελεί μόλις περίπου το 1% του συνολικού γονιδιώματος, περιλαμβάνει περίπου το 85% των γνωστών παθολογικών μεταλλάξεων. Αυτή η υψηλή συγκέντρωση κλινικά σημαντικής πληροφορίας καθιστά το έξωμα κρίσιμο στόχο για γενετική ανάλυση. Μεταβολές σε αυτές τις περιοχές μπορούν να διαταράξουν τη λειτουργία των πρωτεϊνών και να οδηγήσουν σε ευρύ φάσμα γενετικών διαταραχών, αναδεικνύοντας τη σημασία της ανάλυσης του εξώματος στη διαγνωστική διαδικασία.

Η Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος (WES) είναι ιδιαίτερα χρήσιμη σε περιπτώσεις με σύνθετη ή μη τυπική κλινική εικόνα, όπου εξετάζονται πολλαπλές διαφορικές διαγνώσεις. Εφαρμόζεται συχνά στη διερεύνηση γενετικά ετερογενών νοσημάτων, όπου μεταλλάξεις σε διαφορετικά γονίδια μπορεί να προκαλούν παρόμοια κλινικά χαρακτηριστικά. Η Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος (WES) ενδείκνυται επίσης όταν προηγούμενος γενετικός έλεγχος έχει αποδώσει ασαφή ή μη διαγνωστικά αποτελέσματα, καθώς και όταν δεν υπάρχει σαφής διαγνωστική κατεύθυνση. Σε αυτές τις περιπτώσεις, η αλληλούχηση ολόκληρου εξώματος (WES) προσφέρει μια ολοκληρωμένη προσέγγιση που υπερβαίνει τους περιορισμούς των στοχευμένων εξετάσεων.

Ένα ευρύ φάσμα γενετικών παραλλαγών μπορεί να αξιολογηθεί μέσω της αλληλούχησης ολόκληρου εξώματος (WES). Σε αυτό περιλαμβάνονται σημειακές μεταλλάξεις, μικρές εισαγωγές και διαγραφές, καθώς και αριθμητικές μεταβολές αντιγράφων (copy number variants ή CNVs), όπως διαγραφές και διπλασιασμοί. Επιπλέον, αξιολογούνται παραλλαγές του μιτοχονδριακού DNA, επιτρέποντας την ανίχνευση μεταβολών που επηρεάζουν τον κυτταρικό ενεργειακό μεταβολισμό. Με την ταυτόχρονη ανάλυση πολλαπλών τύπων γενετικών μεταβολών σε χιλιάδες γονίδια, η αλληλούχηση ολόκληρου εξώματος (WES) προσφέρει μια ενιαία και ολοκληρωμένη προσέγγιση για τη διερεύνηση διαφορετικών μοριακών μηχανισμών νόσου.

Η κλινική αξία της αλληλούχησης ολόκληρου εξώματος (WES) αποτυπώνεται στην αυξημένη διαγνωστική απόδοση σε σύγκριση με πιο στοχευμένες γενετικές εξετάσεις. Η ενσωμάτωση γονεϊκών δεδομένων επιτρέπει πιο αξιόπιστη ερμηνεία και υποστηρίζει τη λήψη τεκμηριωμένων κλινικών αποφάσεων. Είναι δυνατό να εντοπιστούν σπάνιες ή ακόμη και νέες γενετικές παραλλαγές, συμβάλλοντας σε ακριβέστερη κατανόηση της αιτιολογίας των νοσημάτων. Η διευρυμένη αυτή διαγνωστική δυνατότητα υποστηρίζει τη λήψη τεκμηριωμένων κλινικών αποφάσεων και μπορεί να καθοδηγήσει την εξατομικευμένη διαχείριση των ασθενών σε βάθος χρόνου. Παράλληλα, τα δεδομένα που προκύπτουν ενισχύουν τη γνώση γύρω από σύνθετες γενετικές παθήσεις και συμβάλλουν σε πιο αξιόπιστες εκτιμήσεις πρόγνωσης.

Παρά τη συνολική της πληρότητα, αναγνωρίζονται ορισμένοι περιορισμοί. Δεν είναι δυνατή η ανίχνευση όλων των τύπων γενετικών παραλλαγών, ιδιαίτερα εκείνων που εντοπίζονται εκτός των κωδικοποιητικών για πρωτεΐνες περιοχών, ή που αφορούν πολύπλοκες δομικές αναδιατάξεις. Η ερμηνεία των ευρημάτων μπορεί να είναι σύνθετη και υπόκειται σε συνεχή αναθεώρηση καθώς εξελίσσεται η επιστημονική γνώση. Ως εκ τούτου, τα αποτελέσματα θα πρέπει να αξιολογούνται σε συνδυασμό με τα κλινικά δεδομένα του ασθενούς. Επισημαίνεται επίσης ότι η εξέταση δεν προορίζεται για προγεννητική χρήση.

Τα δεδομένα που προκύπτουν από την αλληλούχηση ολόκληρου εξώματος (WES) αναλύονται με τη χρήση προηγμένων βιοπληροφορικών μεθόδων, διασφαλίζοντας υψηλή ποιότητα και συνέπεια στην ερμηνεία. Η ταξινόμηση των γενετικών παραλλαγών πραγματοποιείται σύμφωνα με τα πλέον πρόσφατα επιστημονικά δεδομένα και διεθνώς αναγνωρισμένα πρότυπα, όπως οι κατευθυντήριες οδηγίες του American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Η συνεχής ενσωμάτωση νέων δεδομένων από τη διεθνή βιβλιογραφία και τις γονιδιωματικές βάσεις δεδομένων συμβάλλει στη διαρκή επικαιροποίηση και κλινική σημασία των αποτελεσμάτων.

Η εξέταση διενεργείται σε κλινικό εργαστήριο διαπιστευμένο κατά ISO 15189 και πιστοποιημένο από CLIA και CAP, εξασφαλίζοντας την εγκυρότητα, την ακρίβεια και τη διεθνή αναγνώριση των αποτελεσμάτων.

Ο γενετικός έλεγχος μέσω Αλληλούχισης Ολόκληρου Εξώματος (WES) πραγματοποιείται με τη λήψη ενός δείγματος αίματος και μπορεί να γίνει:

• Με αιμοληψία στη Διαγνωστική Αθηνών. Δεν χρειάζεται να έχει προηγηθεί νηστεία. Κλείστε το ραντεβού σας σε πραγματικό χρόνο και αγοράστε την εξέταση online

Πλεονεκτήματα της Εξέτασης

Η εξέταση χαρακτηρίζεται από τα ακόλουθα πλεονεκτήματα:

• Η ανάλυση πραγματοποιείται σε διαπιστευμένο εργαστήριο (CAP) με τη συμμετοχή πιστοποιημένου προσωπικού (CLIA) σε κλινικές εξετάσεις.
• Χρησιμοποιούνται προηγμένες τεχνολογίες αλληλούχησης, μέθοδοι εμπλουτισμού στόχου υψηλής απόδοσης και ακριβείς βιοπληροφορικές διαδικασίες, οι οποίες εξασφαλίζουν κορυφαία αναλυτική επίδοση.
• Η εξέταση έχει σχεδιαστεί ώστε να παρέχει εκτενή κάλυψη των κωδικοποιητικών περιοχών και των κλινικά σημαντικών περιοχών ματίσματος (splice sites).
• Εφαρμόζεται αυστηρό σύστημα ταξινόμησης παραλλαγών.
• Χρησιμοποιείται συστηματική ροή ερμηνείας με ιδιόκτητο λογισμικό, που επιτρέπει ακριβή και ιχνηλάσιμη επεξεργασία των δεδομένων NGS.
• Παρέχονται αναλυτικές και ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές.

Περιορισμοί της Εξέτασης

Υπάρχουν ορισμένοι τεχνικοί και βιολογικοί περιορισμοί:

• Η εξέταση αυτή δεν είναι διαθέσιμη για προγεννητικά δείγματα.
• Ορισμένα εξόνια δεν περιλαμβάνονται στην ανάλυση, καθώς δεν καλύπτονται επαρκώς από υψηλής ποιότητας αναγνώσεις αλληλούχισης.
• Γονίδια με υποβέλτιστη κάλυψη σημειώνονται με δίεση (#), ενώ εκείνα με τμηματικούς διπλασιασμούς (μερικούς ή ολικούς) που επικαλύπτονται με περιοχές ψευδογονιδίων κατά UCSC σημειώνονται με αστερίσκο (*).
• Ένα γονίδιο θεωρείται ότι έχει υποβέλτιστη κάλυψη όταν >90% των στοχευμένων νουκλεοτιδίων δεν καλύπτονται σε >20x με δείκτη ποιότητας χαρτογράφησης (MQ>20). Στις περιπτώσεις αυτές, η ανίχνευση παραλλαγών μπορεί να είναι περιορισμένη.

Δεν ανιχνεύονται μέσω της εξέτασης:

• Πολύπλοκες αναστροφές
• Μετατροπές γονιδίων (gene conversions)
• Ισορροπημένες μεταθέσεις
• Διαταραχές επαναλήψεων (repeat expansion disorders), εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά
• Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές πέραν των ±20 ζευγών βάσεων από τα όρια εξονίων–ιντρονίων, εκτός αν έχει καθοριστεί διαφορετικά
• Ολόκληρο το μιτοχονδριακό γονιδίωμα δεν περιλαμβάνεται σε όλα τα γονιδιακά πάνελ (βλ. Γονίδια που Ελέγχονται)

Η ανίχνευση ενδέχεται να μην είναι αξιόπιστη για:

• Χαμηλού επιπέδου μωσαϊκισμό σε πυρηνικά γονίδια (παραλλαγές με συχνότητα ελάσσονος αλληλίου ~14,6% ανιχνεύονται με πιθανότητα 90%)
• Εκτεταμένες ακολουθίες μονονουκλεοτιδικών επαναλήψεων
• Ενθέσεις/απαλοιφές >50 ζευγών βάσεων
• Μικρές διαγραφές ή διπλασιασμούς, συμπεριλαμβανομένων αυτών του ενός μόνο εξονίου
• Παραλλαγές σε περιοχές ψευδογονιδίων ή διπλασιασμένα τμήματα του γονιδιώματος

Για πρόσθετες λεπτομέρειες, δείτε την ενότητα Βιοπληροφορική & Απόδοση.

Βιοπληροφορική

Η στοχευόμενη περιοχή περιλαμβάνει όλα τα κωδικοποιητικά εξόνια σε επίπεδο ολόκληρου του γονιδιώματος, καθώς και ±20 ζεύγη βάσεων από τα όρια εξονίου–ιντρονίου. Συγκεκριμένες περιοχές ορισμένων γονιδίων ενδέχεται να εξαιρεθούν από την ανάλυση, εφόσον αυτό αναφέρεται στην ενότητα «Περιορισμοί της εξέτασης». Όταν η εξέταση περιλαμβάνει το μιτοχονδριακό γονιδίωμα, η στοχευόμενη περιοχή περιλαμβάνει επίσης το σύνολο των μιτοχονδριακών γονιδίων.

Τα δεδομένα αλληλούχισης επεξεργάζονται μέσω ιδιόκτητου συστήματος ανάλυσης και σχολιασμού του συνεργαζόμενου διαπιστευμένου εργαστηρίου, το οποίο ενσωματώνει προηγμένους αλγορίθμους και λογισμικά, καθώς και εργαλεία όπως SIFT, PolyPhen και MutationTaster για την υποστήριξη της ταξινόμησης των missense παραλλαγών. Η επίδραση σε θέσεις συρραφής (splicing) μπορεί επίσης να αξιολογείται με τη χρήση καθιερωμένων υπολογιστικών εργαλείων. Στην πορεία της διαδικασίας έχουν ενσωματωθεί πολλαπλά στάδια ποιοτικού ελέγχου, διασφαλίζοντας την ακρίβεια, την εγκυρότητα και τη συνέπεια των αποτελεσμάτων. Η ανάλυση επικεντρώνεται κυρίως σε γονίδια που είναι γνωστό ότι σχετίζονται με ανθρώπινες νόσους, με συνεχή επικαιροποίηση βάσει της νεότερης επιστημονικής βιβλιογραφίας και επιμελημένων βάσεων δεδομένων. Η ανάλυση έχει βελτιστοποιηθεί ώστε να μεγιστοποιεί την ευαισθησία χωρίς να θυσιάζει την ειδικότητα.

Όλα τα ευρήματα συνοψίζονται σε μια σαφή και αναλυτική κλινική έκθεση, η οποία περιλαμβάνει δείκτες ποιότητας αλληλούχισης, πληροφορίες κάλυψης σε επίπεδο γονιδίου και επισήμανση πιθανών περιοχών με χαμηλότερη κάλυψη (<20x για τα πυρηνικά γονίδια και <1000x για το μιτοχονδριακό DNA, όπου εφαρμόζεται). Με αυτόν τον τρόπο διασφαλίζεται η διαφάνεια και υποστηρίζεται η ακριβής κλινική ερμηνεία. Όπου εφαρμόζεται, πρόσθετες λεπτομέρειες της ανάλυσης και μετρικές αλληλούχησης ενδέχεται να είναι διαθέσιμες μέσω εξειδικευμένων πλατφορμών αναφοράς.

Απόδοση Ανάλυσης

Η αλληλούχηση ολόκληρου του εξώματος επιτρέπει την ανάλυση όλων των κωδικοποιητικών γονιδίων, με την κλινική ερμηνεία να επικεντρώνεται κυρίως σε γονίδια που υποστηρίζονται από την τρέχουσα επιστημονική και κλινική τεκμηρίωση.

Η εξέταση βασίζεται σε μια υψηλής ποιότητας, κλινικού επιπέδου μέθοδο αλληλούχησης ολόκληρου του εξώματος (WES). Η μέθοδος έχει σχεδιαστεί ώστε να επιτυγχάνει υψηλή και ομοιόμορφη κάλυψη αλληλούχησης στις κλινικά σημαντικές περιοχές του εξώματος. Αναλυτικές πληροφορίες σχετικά με την ικανότητα ανίχνευσης διαφορετικών τύπων γενετικών αλλοιώσεων παρουσιάζονται στον πίνακα απόδοσης ανάλυσης και ανίχνευσης (βλ. Πίνακα).

Η εξέταση έχει επικυρωθεί για διάφορους τύπους δειγμάτων, όπως αίμα σε EDTA, απομονωμένο DNA (εκτός DNA από ιστούς ενσωματωμένους σε παραφίνη με φορμόλη), σάλιο και αποξηραμένες σταγόνες αίματος σε κάρτες. Οι συγκεκριμένοι τύποι δειγμάτων επιλέχθηκαν ώστε να εξασφαλίζεται η μέγιστη πιθανότητα λήψης DNA υψηλής ποιότητας. Η διαγνωστική απόδοση μπορεί να διαφέρει ανάλογα με τον τύπο της εξέτασης, τον θεράποντα ιατρό, το νοσοκομείο και τη χώρα. Η ανάλυση περιλαμβάνει την ανίχνευση μεγάλων ελλείψεων και διπλασιασμών (copy number variants, CNVs), συμπληρώνοντας την ανίχνευση σημειακών και μικρών παραλλαγών μέσω αλληλούχησης. Οι δείκτες απόδοσης βασίζονται σε μελέτες αναλυτικής επικύρωσης και ενδέχεται να μην αντικατοπτρίζουν πλήρως την απόδοση σε όλες τις κλινικές συνθήκες.

Οι δείκτες απόδοσης που παρατίθενται παρακάτω βασίζονται σε αρχική επικύρωση που πραγματοποιήθηκε σε διαπιστευμένο κλινικό εργαστήριο, με ισοδύναμα αποτελέσματα να έχουν επιβεβαιωθεί και σε επιπλέον εργαστηριακές εγκαταστάσεις.

Απόδοση υψηλής ποιότητας, κλινικού επιπέδου μεθόδου αλληλούχησης ολόκληρου του εξώματος (WES)

Δείκτες κάλυψης

Απόδοση ανάλυσης μιτοχονδριακού γονιδιώματος

Δείκτες κάλυψης μιτοχονδριακής ανάλυσης

Παρέχονται ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές, σχεδιασμένες ώστε να προσφέρουν στους θεράποντες ιατρούς ουσιαστικές και αξιοποιήσιμες πληροφορίες. Η κλινική ερμηνεία απαιτεί στέρεη γνώση της κλινικής γενετικής και των γενετικών αρχών. Οι αναφορές συντάσσονται από ομάδες μοριακών γενετιστών, ειδικών ιατρών και άλλων έμπειρων επαγγελματιών, οι οποίοι αξιολογούν τις ταυτοποιημένες γενετικές παραλλαγές σε συνάρτηση με τα φαινοτυπικά δεδομένα που παρέχονται στο ιατρικό ιστορικό.

Για την αλληλούχηση ολόκληρου εξώματος (Whole Exome Sequencing, WES) εφαρμόζεται προσέγγιση «genotype-first» (καθοδηγούμενη από τις παραλλαγές). Αντί ο έλεγχος να περιορίζεται σε προκαθορισμένα πάνελ γονιδίων, αξιολογούνται όλα τα κωδικοποιητικά για πρωτεΐνες γονίδια, σε συνδυασμό με επιλεγμένες μη κωδικοποιούσες περιοχές με τεκμηριωμένη συσχέτιση με νόσο. Η προσέγγιση αυτή επιτρέπει την ταυτοποίηση παραλλαγών σε γονίδια που δεν είχαν αρχικά συσχετιστεί με την κλινική εικόνα.

Η ανάλυση εστιάζει αρχικά σε γονίδια με καλά τεκμηριωμένη συσχέτιση με ανθρώπινες νόσους. Εφόσον δεν προκύψουν διαγνωστικά ευρήματα, η διερεύνηση επεκτείνεται σε υποψήφιες παραλλαγές σε γονίδια που δεν έχουν ακόμη οριστικά συσχετιστεί με νόσο, αλλά φέρουν χαρακτηριστικά ενδεικτικά παθογένειας (π.χ. de novo εμφάνιση, προβλεπόμενες παραλλαγές απώλειας λειτουργίας σε γονίδια με περιορισμένη ανεκτικότητα ή σπάνιες διαλληλικές παραλλαγές).

Στόχος είναι οι αναφορές να είναι κλινικά χρήσιμες και κατανοητές από όλους τους επαγγελματίες υγείας, ανεξάρτητα από το επίπεδο εκπαίδευσής τους στη γενετική. Κεντρικό ρόλο κατέχει η ταξινόμηση των παραλλαγών, η οποία καθορίζει την ερμηνεία και κατευθύνει τις αποφάσεις για τη διαχείριση των ασθενών. Η ταξινόμηση πραγματοποιείται σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες ACMG 2015. Παραλλαγές αλληλουχίας και αριθμού αντιγράφων που ταξινομούνται ως παθογόνες, πιθανώς παθογόνες ή αμφίβολης σημασίας (VUS), επιβεβαιώνονται με διπλής κατεύθυνσης αλληλούχηση Sanger ή με μεθόδους όπως qPCR/ddPCR, όταν οι ποιοτικοί δείκτες του NGS δεν επαρκούν για ένα αποτέλεσμα υψηλής αξιοπιστίας.

Η ιεράρχηση των παραλλαγών λαμβάνει υπόψη πρότυπα κληρονόμησης που είναι συμβατά με τον φαινότυπο του ασθενούς, όπως ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια με αυτοσωμικό επικρατές πρότυπο, ομόζυγες ή σύνθετες ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια με αυτοσωμικό υπολειπόμενο πρότυπο, καθώς και ημίζυγες ή ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια φυλοσύνδετων (X-linked) νοσημάτων.

Σε κάθε αναφορά περιλαμβάνονται πίνακες με τις παραλλαγές στην αλληλουχία και στον αριθμό αντιγράφων, στους οποίους παρουσιάζονται βασικές πληροφορίες όπως γονιδιωματικές συντεταγμένες, ονοματολογία HGVS, ζυγωτία, συχνότητες αλληλίων, προβλέψεις in silico, φαινοτυπικές συσχετίσεις και η ταξινόμηση της παραλλαγής. Επιπλέον, παρέχονται αναλυτικές περιγραφές για την παραλλαγή, το γονίδιο και τους σχετικούς φαινότυπους, περιλαμβάνοντας τον ρόλο του γονιδίου στη νόσο, το φάσμα μεταλλάξεων, δεδομένα πληθυσμιακής συχνότητας και συσχετίσεις με παθολογικές καταστάσεις. Παρατίθενται επίσης βιβλιογραφικές αναφορές, περιλήψεις και βάσεις δεδομένων, ώστε να είναι δυνατή η περαιτέρω αξιολόγηση των ευρημάτων.

Στο πλαίσιο της ανάλυσης WES, οι αναφορές ενδέχεται να περιλαμβάνουν, όπου ενδείκνυται, ξεχωριστή ενότητα για δευτερογενή ευρήματα (βλ. κατωτέρω).

Κύρια ευρήματα θεωρούνται οι παραλλαγές που είναι γνωστό ότι προκαλούν νόσο ή οι σπάνιες παραλλαγές που μπορούν να εξηγήσουν τον φαινότυπο του ασθενούς. Στο συμπέρασμα συνοψίζονται όλα τα διαθέσιμα δεδομένα και παρατίθεται η τεκμηρίωση της ταξινόμησης.

Πρόσθετα ευρήματα ενδέχεται να περιλαμβάνουν παραλλαγές με περιορισμένη ή αβέβαιη συσχέτιση με την κλινική εικόνα. Σε αυτά περιλαμβάνονται ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια με αυτοσωμικό υπολειπόμενο πρότυπο, παραλλαγές αμφίβολης σημασίας σε αυτοσωμικά επικρατή γονίδια (όταν υπάρχει ήδη παθογόνος ή πιθανώς παθογόνος παραλλαγή που ερμηνεύει τον φαινότυπο), καθώς και αλληλόμορφα κινδύνου που ανιχνεύονται στα εξεταζόμενα γονίδια.

Η φορεία παραλλαγών (carrier status) σε γονίδια που δεν σχετίζονται με τον φαινότυπο του ασθενούς δεν αξιολογείται ούτε αναφέρεται.

Ως δευτερογενή ευρήματα ορίζονται παθογόνες ή πιθανώς παθογόνες παραλλαγές που εντοπίζονται σε γονίδια μη σχετιζόμενα με την κύρια ένδειξη ελέγχου, αλλά συνδέονται με ιατρικά αξιοποιήσιμες καταστάσεις. Τα ευρήματα αυτά αναφέρονται σύμφωνα με τις συστάσεις του ACMG και μόνο εφόσον υπάρχει προηγούμενη συγκατάθεση (opt-in) από τον ασθενή ή τον κηδεμόνα του. Τα δευτερογενή ευρήματα παρουσιάζονται σε ξεχωριστή ενότητα και, όπου εφαρμόζεται, αναφέρονται διακριτά για κάθε εξεταζόμενο μέλος της οικογένειας.

Η ανίχνευση παθογόνων ή πιθανώς παθογόνων παραλλαγών σε επικρατή νοσήματα ή ο συνδυασμός παραλλαγών σε αμφότερα τα αλληλόμορφα σε υπολειπόμενα νοσήματα θεωρείται μοριακή επιβεβαίωση της κλινικής διάγνωσης. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο έλεγχος συγγενών μπορεί να αξιοποιηθεί για εκτίμηση του κινδύνου. Δεν συνιστάται η χρήση των παραλλαγών αμφίβολης σημασίας (VUS) για οικογενειακή εκτίμηση του κινδύνου ή για λήψη κλινικών αποφάσεων. Η γενετική συμβουλευτική κρίνεται απαραίτητη.

Η παροχή ακριβών και λεπτομερών κλινικών πληροφοριών (συμπεριλαμβανομένου του φαινοτύπου, της ηλικίας έναρξης και του οικογενειακού ιστορικού) είναι απαραίτητη για τη βέλτιστη ερμηνεία των δεδομένων WES και αυξάνει την πιθανότητα ταυτοποίησης κλινικά σημαντικών παραλλαγών.

Αναλύονται εκατομμύρια παραλλαγές από χιλιάδες περιστατικά σπάνιων νοσημάτων, με αποτέλεσμα να εμπλουτίζεται συνεχώς η βάση δεδομένων και η κατανόηση των σχέσεων παραλλαγών–φαινοτύπου. Με την πάροδο του χρόνου, παραλλαγές που είχαν αναφερθεί σε παλαιότερες αναφορές ενδέχεται να αναταξινομηθούν. Εάν κάποια παραλλαγή που είχε δηλωθεί ως κύριο ή πρόσθετο εύρημα αλλάξει κατηγορία (π.χ. από VUS σε παθογόνο/πιθανώς παθογόνο ή αντίστροφα) εκδίδεται επικαιροποιημένη αναφορά προς τον θεράποντα ιατρό χωρίς πρόσθετη οικονομική επιβάρυνση.

Η Αλληλούχηση Ολόκληρου Εξώματος (WES), καλύπτοντας το σύνολο των κωδικοποιητικών για πρωτεΐνες γονιδίων του γονιδιώματος, επιτρέπει την ανίχνευση παραλλαγών που δεν σχετίζονται με την κύρια ένδειξη ελέγχου, αλλά ενδέχεται να έχουν κλινική σημασία για τη φροντίδα του ασθενούς. Τα ευρήματα αυτά αναφέρονται ως δευτερογενή ευρήματα.

Η αναφορά δευτερογενών ευρημάτων πραγματοποιείται σύμφωνα με τις συστάσεις του American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) για την αναζήτηση και γνωστοποίηση κλινικά αξιοποιήσιμων παραλλαγών σε συγκεκριμένα γονίδια.

Η ανάλυση και αναφορά των δευτερογενών ευρημάτων πραγματοποιείται μόνο εφόσον υπάρχει προηγούμενη συγκατάθεση (opt-in) από τον ασθενή ή τον κηδεμόνα του.

Σε περιπτώσεις όπου συμμετέχουν στην ανάλυση και άλλα μέλη της οικογένειας (π.χ. γονείς), παρέχεται η δυνατότητα ανεξάρτητης επιλογής (opt-in) για την ανάλυση και αναφορά δευτερογενών ευρημάτων για κάθε άτομο.

Τα δευτερογενή ευρήματα παρουσιάζονται σε ξεχωριστή ενότητα της αναφοράς και, όπου εφαρμόζεται, αναφέρονται διακριτά για κάθε εξεταζόμενο άτομο, ανεξάρτητα από τα ευρήματα του κύριου εξεταζόμενου.