Προδιάθεση σε Καρκίνο, Βασικός Γονιδιακός Έλεγχος

Ο Βασικός Γονιδιακός Έλεγχος για την Προδιάθεση σε Καρκίνο χρησιμοποιεί τεχνολογία αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) για την ανάλυση 62 γονιδίων που σχετίζονται με σύνδρομα προδιάθεσης καρκίνου και κληρονομικό κίνδυνο ανάπτυξης όγκων. Πρόκειται για στοχευμένο πάνελ γονιδίων, σχεδιασμένο ώστε να υποστηρίζει την ακριβή διάγνωση, την εκτίμηση του κινδύνου και την πρόληψη.

Περισσότερες Πληροφορίες

Ο καρκίνος αποτελεί μια ετερογενή ομάδα νοσημάτων που χαρακτηρίζονται από ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό, ο οποίος συχνά προκύπτει από τη συσσώρευση γενετικών αλλοιώσεων που διαταράσσουν τους φυσιολογικούς ρυθμιστικούς μηχανισμούς. Σε βιολογικό επίπεδο, η καρκινογένεση συνδέεται συχνά με γενετική αστάθεια, ελαττωματική επιδιόρθωση DNA και δυσρύθμιση βασικών κυτταρικών οδών, όπως ο κυτταρικός κύκλος και η απόπτωση. Κληρονομούμενες γενετικές παραλλαγές ενδέχεται να συμβάλλουν στην ευαισθησία ενός ατόμου, επηρεάζοντας γονίδια που συμμετέχουν στη διατήρηση της γονιδιωματικής ακεραιότητας ή στη ρύθμιση της κυτταρικής ανάπτυξης. Αυτές οι κληρονομούμενες μεταβολές μπορεί να παραμένουν κλινικά σιωπηλές για πολλά έτη, επηρεάζοντας ωστόσο τον μακροπρόθεσμο κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου.

Το γενετικό υπόβαθρο της προδιάθεσης για καρκίνο περιλαμβάνει ένα εύρος γονιδίων που συμμετέχουν σε βασικές κυτταρικές διεργασίες. Ενδεικτικά παραδείγματα αποτελούν τα γονίδια BRCA1 και BRCA2, τα οποία εμπλέκονται στην ομόλογη ανασυνδυαστική επιδιόρθωση του DNA, καθώς και το TP53, βασικός ρυθμιστής της διακοπής του κυτταρικού κύκλου και της απόπτωσης. Επιπλέον, γονίδια όπως τα PALB2 και ATM συμβάλλουν στις οδούς απόκρισης σε βλάβες του DNA. Αλλοιώσεις σε αυτά τα γονίδια ενδέχεται να επηρεάσουν την ικανότητα των κυττάρων να επιδιορθώνουν αποτελεσματικά γενετικές βλάβες, οδηγώντας σε συσσώρευση μεταλλάξεων και αυξημένη πιθανότητα κακοήθους μετασχηματισμού. Οι λειτουργικοί ρόλοι των γονιδίων αυτών είναι καλά τεκμηριωμένοι στο πλαίσιο της κληρονομικής προδιάθεσης για καρκίνο.

Το κλινικό και φαινοτυπικό φάσμα που σχετίζεται με την κληρονομική προδιάθεση για καρκίνο είναι ευρύ και μεταβλητό. Διαφορές μπορεί να παρατηρηθούν στον τύπο του καρκίνου, στην ηλικία εμφάνισης και στη βαρύτητα της νόσου μεταξύ ατόμων που φέρουν παρόμοιες γενετικές παραλλαγές. Ορισμένα άτομα ενδέχεται να εμφανίσουν καρκίνο σε νεαρότερη ηλικία ή να παρουσιάσουν πολλαπλούς πρωτοπαθείς όγκους, ενώ άλλα μπορεί να παραμείνουν ασυμπτωματικά καθ’ όλη τη διάρκεια της ζωής τους. Η μεταβλητότητα αυτή αντικατοπτρίζει την επίδραση επιπρόσθετων γενετικών, περιβαλλοντικών και τρόπου ζωής παραγόντων που αλληλεπιδρούν με την κληρονομική προδιάθεση.

Ο Βασικός Γονιδιακός Έλεγχος για την Προδιάθεση σε Καρκίνο έχει σχεδιαστεί ως εργαλείο γενετικής εκτίμησης κινδύνου και προορίζεται για χρήση σε άτομα χωρίς συμπτώματα που επιθυμούν να ενημερωθούν σχετικά με την κληρονομική τους προδιάθεση για καρκίνο. Δεν αποτελεί διαγνωστική εξέταση και δεν προορίζεται για την επιβεβαίωση ή τον αποκλεισμό νόσου. Αντιθέτως, αξιολογεί γενετικές παραλλαγές που σχετίζονται με αυξημένη ευαισθησία στον καρκίνο, παρέχοντας πληροφορίες σχετικά με πιθανό κίνδυνο. Τα αποτελέσματα αποσκοπούν στην ενίσχυση της επίγνωσης της γενετικής προδιάθεσης και μπορούν να εξεταστούν στο πλαίσιο ευρύτερων στρατηγικών διαχείρισης υγείας, χωρίς να υποδηλώνεται βεβαιότητα εμφάνισης νόσου.

Στο ευρύτερο γενετικό πλαίσιο, το επίπεδο κινδύνου καρκίνου που σχετίζεται με διαφορετικά γονίδια ποικίλλει και συχνά κατηγοριοποιείται ως χαμηλό, μέτριο ή υψηλό, βάσει των διαθέσιμων επιστημονικών δεδομένων. Η κατηγοριοποίηση αυτή προκύπτει συνήθως από επιδημιολογικά στοιχεία και δείκτες κινδύνου όπως οι λόγοι πιθανοτήτων (odds ratios), αν και τα όρια ενδέχεται να διαφέρουν μεταξύ μελετών και να μην είναι απόλυτα καθορισμένα. Ορισμένα γονίδια μπορεί να σχετίζονται με ενδιάμεσο ή εξαρτώμενο από το πλαίσιο κίνδυνο, ενώ σε κάποιες περιπτώσεις η συσχέτιση μεταξύ γενετικών παραλλαγών και κινδύνου νόσου παραμένει μερικώς καθορισμένη. Η ερμηνεία των γενετικών ευρημάτων πραγματοποιείται σύμφωνα με διεθνώς αποδεκτά πρότυπα, όπως οι οδηγίες ACMG/AMP, διασφαλίζοντας ότι αναφέρονται μόνο παραλλαγές με τεκμηριωμένη κλινική σημασία, όπως παθογόνες ή πιθανώς παθογόνες.

Η ανίχνευση γενετικών παραλλαγών με κλινική σημασία μπορεί να συμβάλει στην ενίσχυση της κατανόησης του ατομικού προφίλ κινδύνου και να υποστηρίξει τον μακροπρόθεσμο σχεδιασμό παρακολούθησης. Τα ευρήματα αυτά μπορούν να αποτελέσουν βάση για την κατανόηση πιθανής προδιάθεσης και να διευκολύνουν τεκμηριωμένες συζητήσεις στο πλαίσιο της κλινικής πρακτικής. Ωστόσο, τα γενετικά αποτελέσματα προορίζονται να συμπληρώνουν και όχι να υποκαθιστούν την ολοκληρωμένη ιατρική αξιολόγηση και την κλινική κρίση.

Η εξέταση διενεργείται σε κλινικό εργαστήριο διαπιστευμένο κατά ISO 15189 και πιστοποιημένο από CLIA και CAP, εξασφαλίζοντας την εγκυρότητα, την ακρίβεια και τη διεθνή αναγνώριση των αποτελεσμάτων.

Γονίδια και Συσχετιζόμενοι Φαινότυποι (Βασικός Γονιδιακός Έλεγχος για Προδιάθεση σε Καρκίνο)

Ο γενετικός έλεγχος πραγματοποιείται με τη λήψη ενός δείγματος αίματος ή με τη λήψη γενετικού υλικού από το εσωτερικό των παρειών (με μπατονέτα) και μπορεί να γίνει:

• Με λήψη του δείγματος στη Διαγνωστική Αθηνών. Κλείστε το ραντεβού σας σε πραγματικό χρόνο και αγοράστε την εξέταση online
• Με λήψη του δείγματος στο σπίτι. Σας στέλνουμε όλα τα απαραίτητα υλικά συλλογής στο σπίτι σας μέσω courier. Η επιστροφή του δείγματος στο εργαστήριο γίνεται επίσης μέσω courier. Αγοράστε την εξέταση online

Πλεονεκτήματα της Εξέτασης

Η εξέταση χαρακτηρίζεται από τα ακόλουθα πλεονεκτήματα:

• Η ανάλυση πραγματοποιείται σε διαπιστευμένο εργαστήριο (CAP) με τη συμμετοχή πιστοποιημένου προσωπικού (CLIA) σε κλινικές εξετάσεις.
• Χρησιμοποιούνται προηγμένες τεχνολογίες αλληλούχησης, μέθοδοι εμπλουτισμού στόχου υψηλής απόδοσης και ακριβείς βιοπληροφορικές διαδικασίες, οι οποίες εξασφαλίζουν κορυφαία αναλυτική επίδοση.
• Τα περιεχόμενα των γονιδιακών πάνελ έχουν κατασκευαστεί με προσοχή ώστε να είναι κλινικά αποτελεσματικά και επιστημονικά τεκμηριωμένα.
• Σε ορισμένα γονιδιακά πανελ περιλαμβάνεται η ολική αλληλούχηση του μιτοχονδριακού γονιδιώματος (βλ. ενότητα Γονίδια που Ελέγχονται).
• Στην κλινικού επιπέδου NGS ανάλυση περιλαμβάνονται περίπου 2.000 μη κωδικοποιητικές παθογόνες παραλλαγές (βλ. ενότητα Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές που καλύπτονται από τον πίνακα).
• Εφαρμόζεται αυστηρό σύστημα ταξινόμησης παραλλαγών.
• Χρησιμοποιείται συστηματική ροή ερμηνείας με ιδιόκτητο λογισμικό, που επιτρέπει ακριβή και ιχνηλάσιμη επεξεργασία των δεδομένων NGS.
• Παρέχονται αναλυτικές και ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές.

Περιορισμοί της Εξέτασης

Υπάρχουν ορισμένοι τεχνικοί και βιολογικοί περιορισμοί:

• Τα ακόλουθα εξόνια δεν περιλαμβάνονται στο πάνελ, καθώς δεν καλύπτονται επαρκώς από υψηλής ποιότητας αναγνώσεις αλληλούχισης: PDGFRA NM_001347828.2:2, SDHD NM_001276506.2:4.
• Γονίδια με υποβέλτιστη κάλυψη σημειώνονται με δίεση (#), ενώ εκείνα με τμηματικούς διπλασιασμούς (μερικούς ή ολικούς) που επικαλύπτονται με περιοχές ψευδογονιδίων κατά UCSC σημειώνονται με αστερίσκο (*).
• Ένα γονίδιο θεωρείται ότι έχει υποβέλτιστη κάλυψη όταν >90% των στοχευμένων νουκλεοτιδίων δεν καλύπτονται σε >20x με δείκτη ποιότητας χαρτογράφησης (MQ>20). Στις περιπτώσεις αυτές, η ανίχνευση παραλλαγών μπορεί να είναι περιορισμένη.

Δεν ανιχνεύονται μέσω της εξέτασης:

• Πολύπλοκες αναστροφές
• Μετατροπές γονιδίων (gene conversions)
• Ισορροπημένες μεταθέσεις
• Διαταραχές επαναλήψεων (repeat expansion disorders), εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά
• Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές πέραν των ±20 ζευγών βάσεων από τα όρια εξονίων–ιντρονίων, εκτός αν έχει καθοριστεί διαφορετικά
• Ολόκληρο το μιτοχονδριακό γονιδίωμα δεν περιλαμβάνεται σε όλα τα γονιδιακά πάνελ (βλ. Γονίδια που Ελέγχονται)

Η ανίχνευση ενδέχεται να μην είναι αξιόπιστη για:

• Χαμηλού επιπέδου μωσαϊκισμό σε πυρηνικά γονίδια (παραλλαγές με συχνότητα ελάσσονος αλληλίου ~14,6% ανιχνεύονται με πιθανότητα 90%)
• Εκτεταμένες ακολουθίες μονονουκλεοτιδικών επαναλήψεων
• Χαμηλού επιπέδου ετεροπλασμία σε mtDNA (ανιχνεύεται >90% σε επίπεδο 5%)
• Ενθέσεις/απαλοιφές >50 ζευγών βάσεων
• Διαγραφές ή διπλασιασμούς ενός εξονίου
• Παραλλαγές σε περιοχές ψευδογονιδίων ή διπλασιασμένα τμήματα του γονιδιώματος
• Παθογόνες παραλλαγές του mtDNA που δεν ανιχνεύονται στο αίμα· σε αυτές τις περιπτώσεις ενδέχεται να απαιτείται δείγμα από μετα-μιτωτικό ιστό (π.χ. σκελετικός μυς) για την επιβεβαίωση της διάγνωσης

Για πρόσθετες λεπτομέρειες, δείτε την ενότητα Βιοπληροφορική & Απόδοση.

Βιοπληροφορική

Η στοχευμένη περιοχή για κάθε γονίδιο περιλαμβάνει τα κωδικά εξόνια καθώς και ±20 ζεύγη βάσεων από τα όρια εξονίου–ιντρονίου. Επιπλέον, το πάνελ μπορεί να περιλαμβάνει μη κωδικές και ρυθμιστικές παραλλαγές, όπως αναφέρεται στην ενότητα «Μη κωδικές παραλλαγές που καλύπτονται από το πάνελ». Συγκεκριμένες περιοχές ορισμένων γονιδίων ενδέχεται να εξαιρεθούν από την ανάλυση, εφόσον αυτό αναφέρεται στην ενότητα «Περιορισμοί της εξέτασης». Όταν η εξέταση περιλαμβάνει το μιτοχονδριακό γονιδίωμα, η στοχευμένη περιοχή καλύπτει επίσης το σύνολο των μιτοχονδριακών γονιδίων.

Τα δεδομένα αλληλούχισης επεξεργάζονται μέσω ιδιόκτητου συστήματος ανάλυσης και σχολιασμού του συνεργαζόμενου διαπιστευμένου εργαστηρίου, το οποίο ενσωματώνει προηγμένους αλγορίθμους και λογισμικά. Στην πορεία της διαδικασίας έχουν ενσωματωθεί πολλαπλά στάδια ποιοτικού ελέγχου, διασφαλίζοντας την ακρίβεια, την εγκυρότητα και τη συνέπεια των αποτελεσμάτων. Η ανάλυση έχει βελτιστοποιηθεί ώστε να μεγιστοποιεί την ευαισθησία χωρίς να θυσιάζει την ειδικότητα.

Όλα τα ευρήματα συνοψίζονται σε λεπτομερή κλινική αναφορά, η οποία περιλαμβάνει δείκτες ποιότητας αλληλούχισης, πληροφορίες κάλυψης σε επίπεδο γονιδίου και επισήμανση πιθανών περιοχών με χαμηλότερη κάλυψη (<20x για τα πυρηνικά γονίδια και <1000x για το μιτοχονδριακό DNA, όπου εφαρμόζεται). Με αυτόν τον τρόπο διασφαλίζεται η διαφάνεια και υποστηρίζεται η ακριβής κλινική ερμηνεία.

Απόδοση Ανάλυσης

Τα γονίδια που περιλαμβάνονται στο πάνελ έχουν επιλεγεί προσεκτικά, με βάση επιστημονική βιβλιογραφία, βάσεις δεδομένων μεταλλάξεων και τη συσσωρευμένη κλινική εμπειρία.

Όλα τα πάνελ προέρχονται από κλινικού επιπέδου, υψηλής ποιότητας ανάλυση NGS. Αναλυτικές πληροφορίες σχετικά με την ικανότητα ανίχνευσης διαφορετικών τύπων γενετικών αλλοιώσεων παρουσιάζονται στον πίνακα απόδοσης ανάλυσης και ανίχνευσης (βλ. Πίνακα).

Η εξέταση έχει επικυρωθεί για διάφορους τύπους δειγμάτων, όπως αίμα σε EDTA, απομονωμένο DNA (εκτός DNA από ιστούς ενσωματωμένους σε παραφίνη με φορμόλη), σάλιο και αποξηραμένες σταγόνες αίματος σε κάρτες. Οι συγκεκριμένοι τύποι δειγμάτων επιλέχθηκαν ώστε να εξασφαλίζεται η μέγιστη πιθανότητα λήψης DNA υψηλής ποιότητας. Η διαγνωστική απόδοση μπορεί να διαφέρει ανάλογα με τον τύπο της εξέτασης, τον θεράποντα ιατρό, το νοσοκομείο και τη χώρα. Η ανάλυση Plus που χρησιμοποιείται ενισχύει περαιτέρω την πιθανότητα γενετικής διάγνωσης, καθώς οι μεγάλες απαλοιφές και διπλασιασμοί δεν μπορούν να ανιχνευθούν αποκλειστικά μέσω αλληλούχισης. Η προσέγγιση αυτή συνδυάζει τόσο την αλληλούχιση όσο και την ανάλυση απαλοιφών/διπλασιασμών (copy number variants, CNVs).

Οι δείκτες απόδοσης που παρατίθενται παρακάτω βασίζονται σε αρχική επικύρωση που πραγματοποιήθηκε σε διαπιστευμένο κλινικό εργαστήριο, με ισοδύναμα αποτελέσματα να έχουν επιβεβαιωθεί και σε επιπλέον εργαστηριακές εγκαταστάσεις.

Απόδοση της κλινικής βαθμίδας NGS ανάλυσης, για τα πάνελ γονιδιακών ελέγχων

Δείκτες κάλυψης

Απόδοση ανάλυσης μιτοχονδριακού γονιδιώματος

Δείκτες κάλυψης μιτοχονδριακής ανάλυσης

Παρέχονται ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές, σχεδιασμένες ώστε να προσφέρουν στους θεράποντες ιατρούς ουσιαστικές και αξιοποιήσιμες πληροφορίες. Η κλινική ερμηνεία απαιτεί στέρεη γνώση της κλινικής γενετικής και των γενετικών αρχών. Οι αναφορές συντάσσονται από ομάδες μοριακών γενετιστών, ειδικών ιατρών και άλλων έμπειρων επαγγελματιών, οι οποίοι αξιολογούν τις ταυτοποιημένες γενετικές παραλλαγές σε συνάρτηση με τα φαινοτυπικά δεδομένα που παρέχονται στο ιατρικό ιστορικό.

Στόχος είναι οι αναφορές να είναι κλινικά χρήσιμες και κατανοητές από όλους τους επαγγελματίες υγείας, ανεξάρτητα από το επίπεδο εκπαίδευσής τους στη γενετική. Κεντρικό ρόλο κατέχει η ταξινόμηση των παραλλαγών, η οποία καθορίζει την ερμηνεία και κατευθύνει τις αποφάσεις για τη διαχείριση των ασθενών. Η ταξινόμηση πραγματοποιείται σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες ACMG 2015. Παραλλαγές αλληλουχίας και αριθμού αντιγράφων που ταξινομούνται ως παθογόνες, πιθανώς παθογόνες ή αμφίβολης σημασίας (VUS), επιβεβαιώνονται με διπλής κατεύθυνσης αλληλούχηση Sanger ή με μεθόδους όπως qPCR/ddPCR, όταν οι ποιοτικοί δείκτες του NGS δεν επαρκούν για ένα αποτέλεσμα υψηλής αξιοπιστίας.

Σε κάθε αναφορά περιλαμβάνονται πίνακες με τις παραλλαγές στην αλληλουχία και στον αριθμό αντιγράφων, στους οποίους παρουσιάζονται βασικές πληροφορίες όπως γονιδιωματικές συντεταγμένες, ονοματολογία HGVS, ζυγωτία, συχνότητες αλληλίων, προβλέψεις in silico, φαινοτυπικές συσχετίσεις και η ταξινόμηση της παραλλαγής. Επιπλέον, παρέχονται αναλυτικές περιγραφές για την παραλλαγή, το γονίδιο και τους σχετικούς φαινότυπους, περιλαμβάνοντας τον ρόλο του γονιδίου στη νόσο, το φάσμα μεταλλάξεων, δεδομένα πληθυσμιακής συχνότητας και συσχετίσεις με παθολογικές καταστάσεις. Παρατίθενται επίσης βιβλιογραφικές αναφορές, περιλήψεις και βάσεις δεδομένων, ώστε να είναι δυνατή η περαιτέρω αξιολόγηση των ευρημάτων.

Οι αναφορές διαρθρώνονται σε δύο ενότητες: κύρια ευρήματα και πρόσθετα ευρήματα.

Κύρια ευρήματα θεωρούνται οι παραλλαγές που είναι γνωστό ότι προκαλούν νόσο ή οι σπάνιες παραλλαγές που μπορούν να εξηγήσουν τον φαινότυπο του ασθενούς. Στο συμπέρασμα συνοψίζονται όλα τα διαθέσιμα δεδομένα και παρατίθεται η τεκμηρίωση της ταξινόμησης.

Πρόσθετα ευρήματα περιλαμβάνουν παραλλαγές που, σύμφωνα με τα τρέχοντα δεδομένα, δεν επαρκούν για να εξηγήσουν τον φαινότυπο. Σε αυτά περιλαμβάνονται ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια με αυτοσωμικό υπολειπόμενο πρότυπο, παραλλαγές αμφίβολης σημασίας σε αυτοσωμικά επικρατή γονίδια (όταν υπάρχει ήδη παθογόνος ή πιθανώς παθογόνος παραλλαγή που ερμηνεύει τον φαινότυπο), καθώς και αλληλόμορφα κινδύνου που ανιχνεύονται στα εξεταζόμενα γονίδια.

Η ανίχνευση παθογόνων ή πιθανώς παθογόνων παραλλαγών σε επικρατή νοσήματα ή ο συνδυασμός παραλλαγών σε αμφότερα τα αλληλόμορφα σε υπολειπόμενα νοσήματα θεωρείται μοριακή επιβεβαίωση της κλινικής διάγνωσης. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο έλεγχος συγγενών μπορεί να αξιοποιηθεί για εκτίμηση του κινδύνου. Δεν συνιστάται η χρήση των παραλλαγών αμφίβολης σημασίας (VUS) για οικογενειακή εκτίμηση του κινδύνου ή για λήψη κλινικών αποφάσεων. Η γενετική συμβουλευτική κρίνεται απαραίτητη.

Αναλύονται εκατομμύρια παραλλαγές από χιλιάδες περιστατικά σπάνιων νοσημάτων, με αποτέλεσμα να εμπλουτίζεται συνεχώς η βάση δεδομένων και η κατανόηση των σχέσεων παραλλαγών–φαινοτύπου. Με την πάροδο του χρόνου, παραλλαγές που είχαν αναφερθεί σε παλαιότερες αναφορές ενδέχεται να αναταξινομηθούν. Εάν κάποια παραλλαγή που είχε δηλωθεί ως κύριο ή πρόσθετο εύρημα αλλάξει κατηγορία (π.χ. από VUS σε παθογόνο/πιθανώς παθογόνο ή αντίστροφα) εκδίδεται επικαιροποιημένη αναφορά προς τον θεράποντα ιατρό χωρίς πρόσθετη οικονομική επιβάρυνση.