Μεταβολικές Διαταραχές, Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος - Μεταβολικές Διαταραχές, Γενετικός Έλεγχος με NGS. Γονίδια: ABCC8, ABCD1, ABCD3, ABCD4, ACAD8, ACAD9, ACADL, ACADM, ACADS, ACADSB, ACADVL, ACAT1, ACOX1, ACSF3, ACY1, ADA, ADAMTSL2, ADAR, ADCK3, ADK, ADSL, AGA, AGK, AGL, AGPAT2, AGPS, AGXT, AHCY, AKT2, ALAD - Γενετικός Έλεγχος Μεταβολικών Διαταραχών

Ο Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για τις Μεταβολικές Διαταραχές χρησιμοποιεί τεχνολογία αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS) για την ανάλυση 505 γονιδίων που σχετίζονται με κληρονομικές μεταβολικές διαταραχές και σπάνια μεταβολικά νοσήματα. Πρόκειται για στοχευμένο πάνελ γονιδίων, σχεδιασμένο ώστε να υποστηρίζει την ακριβή διάγνωση, την εκτίμηση του κινδύνου και την πρόληψη.

Περισσότερες Πληροφορίες

Ο Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για τις Μεταβολικές Διαταραχές αποτελεί μια εκτεταμένη γενετική εξέταση που έχει σχεδιαστεί για την αξιολόγηση κληρονομικών αιτίων συγγενών διαταραχών του μεταβολισμού, μιας ευρείας ομάδας νοσημάτων που επηρεάζουν τις βιοχημικές οδούς του οργανισμού. Ο πλήρης γονιδιακός έλεγχος για τις μεταβολικές διαταραχές περιλαμβάνει την ανάλυση 505 γονιδίων, καθώς και επιλεγμένων μη κωδικοποιητικών παραλλαγών, ενώ επιπλέον περιλαμβάνει και το μητρικά κληρονομούμενο μιτοχονδριακό γονιδίωμα, επιτρέποντας μια ολοκληρωμένη εκτίμηση των γενετικών παραγόντων που σχετίζονται με μεταβολικές νόσους. Χρησιμοποιείται κυρίως σε άτομα με κλινική υποψία μεταβολικής διαταραχής, ιδιαίτερα όταν τα συμπτώματα είναι μη ειδικά ή επικαλύπτονται μεταξύ διαφορετικών νοσημάτων.

Ο πλήρης γονιδιακός έλεγχος για τις μεταβολικές διαταραχές περιλαμβάνει βασικά γονίδια όπως τα PAH, GAA, OTC, ACADM και MT-ATP6, τα οποία εμπλέκονται στον μεταβολισμό των αμινοξέων, τη διάσπαση του γλυκογόνου, τον κύκλο της ουρίας, την οξείδωση των λιπαρών οξέων και την παραγωγή ενέργειας στα μιτοχόνδρια. Τα γονίδια αυτά κωδικοποιούν ένζυμα και πρωτεΐνες απαραίτητες για τη διατήρηση της μεταβολικής ομοιόστασης και της ενεργειακής ισορροπίας. Η φυσιολογική λειτουργία αυτών των οδών είναι απαραίτητη για τη διάσπαση, μετατροπή και αξιοποίηση των θρεπτικών συστατικών. Διαταραχές οδηγούν σε συσσώρευση τοξικών ενδιάμεσων προϊόντων ή έλλειψη βασικών μεταβολικών προϊόντων. Ο πλήρης γονιδιακός έλεγχος για τις μεταβολικές διαταραχές ενδείκνυται σε άτομα με βιοχημικές ανωμαλίες, αναπτυξιακή καθυστέρηση ή κλινικά χαρακτηριστικά που υποδηλώνουν συγγενή διαταραχή του μεταβολισμού.

Το κλινικό φάσμα των κληρονομικών μεταβολικών διαταραχών είναι ιδιαίτερα ευρύ και μπορεί να περιλαμβάνει αναπτυξιακή καθυστέρηση, νευρολογική δυσλειτουργία, μεταβολικές κρίσεις, αποτυχία ανάπτυξης, δυσλειτουργία οργάνων και βιοχημικές ανωμαλίες. Τα συμπτώματα μπορεί να εμφανιστούν στη νεογνική περίοδο, στην παιδική ηλικία ή αργότερα στη ζωή και κυμαίνονται από ήπια έως απειλητικά για τη ζωή. Πολλές από αυτές τις διαταραχές εμφανίζουν επικαλυπτόμενα κλινικά χαρακτηριστικά, γεγονός που καθιστά δύσκολη τη διαφορική διάγνωση μόνο με βάση την κλινική εικόνα. Ορισμένες εκδηλώνονται επεισοδιακά, συχνά μετά από στρες, νηστεία ή λοίμωξη, ενώ άλλες έχουν προοδευτική πορεία.

Ο σκοπός του πλήρους γονιδιακού ελέγχου για τις μεταβολικές διαταραχές είναι η ανίχνευση παθογόνων παραλλαγών που σχετίζονται με ένα ευρύ φάσμα μεταβολικών διαταραχών, συμβάλλοντας στην ακριβή διάγνωση και τη διάκριση μεταξύ κλινικά επικαλυπτόμενων νοσημάτων. Τα γενετικά ευρήματα ενισχύουν την κατανόηση των μεταβολικών οδών και των μηχανισμών της νόσου και υποστηρίζουν την ορθή ταξινόμηση των μεταβολικών συνδρόμων. Η ταυτοποίηση συγκεκριμένων γενετικών μεταβολών συμβάλλει στην εκτίμηση του κινδύνου, την πρόγνωση και τον σχεδιασμό εξατομικευμένων στρατηγικών μακροχρόνιας παρακολούθησης.

Αυξημένος γενετικός κίνδυνος επιβεβαιώνεται όταν παθογόνες μεταλλάξεις ανιχνεύονται σε γονίδια που σχετίζονται με συγγενείς διαταραχές του μεταβολισμού, όπως τα PAH, GAA, OTC και ACADM. Μειωμένος κίνδυνος μπορεί να εκτιμηθεί όταν δεν ανιχνεύονται μεταλλάξεις, αν και η ολοκληρωμένη κλινική παρακολούθηση παραμένει απαραίτητη. Η ενσωμάτωση των γενετικών δεδομένων με τα κλινικά ευρήματα και τη βιοχημική αξιολόγηση είναι καθοριστικής σημασίας για την ακριβή διάγνωση, την πρόγνωση και τη μακροχρόνια φροντίδα του ασθενούς.

Η εξέταση διενεργείται σε κλινικό εργαστήριο διαπιστευμένο κατά ISO 15189 και πιστοποιημένο από CLIA και CAP, εξασφαλίζοντας την εγκυρότητα, την ακρίβεια και τη διεθνή αναγνώριση των αποτελεσμάτων.

Γονίδια A-G και Συσχετιζόμενοι Φαινότυποι (Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για Μεταβολικές Διαταραχές)

Γονίδιο	Σχετικοί φαινότυποι	Κληρονομικότητα	ClinVar	HGMD
ABCC8	Hyperinsulinemic hypoglycemia, Diabetes, permanent neonatal, Hypoglycemia, leucine-induced, Diabetes mellitus, transient neonatal, Pulmonary arterial hypertension (PAH)	AD/AR	170	641
ABCD1*	Adrenoleukodystrophy	XL	95	663
ABCD3	Zellweger syndrome	AR	1	3
ABCD4	Methylmalonic aciduria and homocystinuria	AR	6	7
ACAD8	Isobutyryl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	12	21
ACAD9	Acyl-CoA dehydrogenase family, deficiency	AR	26	61
ACADL	Long chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AD/AR		1
ACADM	Acyl-CoA dehydrogenase, medium chain, deficiency	AR	104	169
ACADS	Acyl-CoA dehydrogenase, short-chain, deficiency	AR	43	81
ACADSB	2-methylbutyryl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	8	12
ACADVL	Acyl-CoA dehydrogenase, very long chain, deficiency	AR	119	282
ACAT1	Alpha-methylacetoacetic aciduria	AR	31	95
ACOX1	Peroxisomal acyl-CoA oxidase deficiency	AD/AR	15	26
ACSF3	Combined malonic and methylmalonic aciduria	AR	18	22
ACY1	Aminoacylase 1 deficiency	AR	5	14
ADA	Severe combined immunodeficiency due to adenosine deaminase deficiency	AR	49	93
ADAMTSL2#*	Geleophysic dysplasia 3	AR	8	28
ADAR	Dyschromatosis symmetrica hereditaria, Aicardi-Goutières syndrome	AD/AR	25	226
ADCK3	Coenzyme Q10 deficiency, Progressive cerebellar ataxia and atrophy, Spinocerebellar ataxia	AR	45	43
ADK	Hypermethioninemia due to adenosine kinase deficiency	AR	6	14
ADSL	Adenylosuccinase deficiency	AR	24	57
AGA	Aspartylglucosaminuria	AR	48	37
AGK*	Sengers syndrome, Cataract 38	AR	18	27
AGL	Glycogen storage disease	AR	142	245
AGPAT2	Lipodystrophy, congenital generalized	AR	25	39
AGPS	Rhizomelic chondrodysplasia punctata type 3	AR	4	8
AGXT	Hyperoxaluria	AR	190	205
AHCY	Hypermethioninemia with S-adenosylhomocysteine hydrolase deficiency	AR	3	9
AKT2	Hypoinsulinemic hypoglycemia with hemihypertrophy	AD	4	6
ALAD	Porphyria, acute hepatic	AR	6	11
ALAS2	Anemia, sideroblastic, Protoporphyria, erythropoietic	XL	27	103
ALDH5A1#	Succinic semialdehyde dehydrogenase deficiency	AR	16	70
ALDH7A1	Epilepsy, pyridoxine-dependent	AR	52	123
ALDOA	Glycogen storage disease	AR	3	8
ALDOB	Fructose intolerance, hereditary	AR	41	67
ALG1*	Congenital disorder of glycosylation	AR	25	43
ALG11	Congenital disorder of glycosylation	AR	11	14
ALG12	Congenital disorder of glycosylation	AR	11	15
ALG13	Congenital disorder of glycosylation	XL	5	12
ALG2	Congenital disorder of glycosylation, Myasthenic syndrome, congenital	AR	5	5
ALG3	Congenital disorder of glycosylation	AR	9	18
ALG6	Congenital disorder of glycosylation	AR	28	24
ALG8#	Congenital disorder of glycosylation	AD/AR	10	17
ALG9	Congenital disorder of glycosylation, Gillessen-Kaesbach-Nishimura syndrome, Polycystic kidney disease	AD/AR	4	4
AMACR	Alpha-methylacyl-CoA racemase deficiency, Bile acid synthesis defect	AR	3	8
AMN	Megaloblastic anemia-1, Norwegian	AR	29	34
AMPD1	Myoadenylate deaminase deficiency	AR	5	10
AMT	Glycine encephalopathy	AR	42	95
ANO10	Spinocerebellar ataxia	AR	19	18
ANO5	Gnathodiaphyseal dysplasia, LGMD2L and distal MMD3 muscular dystrophies	AD/AR	64	121
ANTXR2	Hyalinosis, infantile systemic, Fibromatosis, juveline hyaline	AR	17	47
APRT	Adenine phosphoribosyltransferase deficiency	AR	11	47
APTX	Ataxia, early-onset, with oculomotor apraxia and hypoalbuminemia	AR	14	46
ARG1	Hyperargininemia	AR	28	54
ARSA	Metachromatic leukodystrophy	AR	113	246
ARSB	Mucopolysaccharidosis (Maroteaux-Lamy)	AR	118	201
ASAH1	Spinal muscular atrophy with progressive myoclonic epilepsy, Farber lipogranulomatosis	AR	16	71
ASL	Argininosuccinic aciduria	AR	56	162
ASPA	Aspartoacylase deficiency (Canavan disease)	AR	54	102
ASS1	Citrullinemia	AR	70	153
ATIC	AICAR transformylase/IMP cyclohydrolase deficiency	AR	2	6
ATP13A2	Parkinson disease (Kufor-Rakeb syndrome)	AR	21	40
ATP2A1	Brody myopathy	AR	19	18
ATP6V0A2	Cutis laxa, Wrinkly skin syndrome	AR	16	56
ATP7B	Wilson disease	AR	219	897
AUH	3-methylglutaconic aciduria	AR	12	11
B3GALNT2#	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	18	14
B3GLCT	Peters-plus syndrome	AR	9	15
B4GALT1	Congenital disorder of glycosylation	AR	1	2
B4GAT1	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 13	AR	3	5
BCKDHA	Maple syrup urine disease	AR	57	98
BCKDHB	Maple syrup urine disease	AR	87	103
BCS1L	Bjornstad syndrome, GRACILE syndrome, Leigh syndrome, Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 1	AR	42	37
BOLA3	Multiple mitochondrial dysfunctions syndrome 2	AR	3	6
BSCL2	Lipodystrophy, congenital generalized, Encephalopathy, progressive, Neuropathy, distal hereditary motor, type VA, Charcot-Marie-Tooth disease type 2, Silver syndrome, Silver spastic paraplegia syndrome, Spastic paraplegia 17	AD/AR	34	50
BSND	Sensorineural deafness with mild renal dysfunction, Bartter syndrome	AR	10	20
BTD	Biotinidase deficiency	AR	170	247
C10ORF2	Perrault syndrome, Mitochondrial DNA depletion syndrome, Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, autosomal dominant, 3	AD/AR	37	80
C12ORF65	Spastic paraplegia, Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	10	11
CA5A*	Carbonic anhydrase VA deficiency	AR	6	7
CACNA1S	Hypokalemic periodic paralysis, Malignant hyperthermia, Thyrotoxic periodic paralysis	AD/AR	14	47
CAPN3	Muscular dystrophy, limb-girdle, Eosinophilic myositis	AD/AR	184	437
CASQ1	Myopathy, vacuolar, with CASQ1 aggregates	AD	2	5
CASR	Hypocalcemia, Neonatal hyperparathyroidism, Familial Hypocalciuric hypercalcemia with transient Neonatal hyperparathyroidism	AD/AR	104	396
CAV1	Partial lipodystrophy, congenital cataracts, and neurodegeneration syndrome, Lipodystrophy, congenital generalized, Pulmonary hypertension, primary 3	AD/AR	7	11
CAV3	Creatine phosphokinase, elevated serum, Hypertrophic cardiomyopathy (HCM), Long QT syndrome, Muscular dystrophy, limb-girdle, type IC, Myopathy, distal, Tateyama type, Rippling muscle disease 2	AD/AR	23	50
CBS	Homocystinuria due to cystathionine beta-synthase deficiency	AR	88	205
CD320	Methylmalonic aciduria due to transcobalamin receptor defect	AR		2
CHKB	Muscular dystrophy, congenital, megaconial	AR	11	27
CIDEC*	Lipodystrophy, familial partial, type 5	AR	2	1
CLCN1	Myotonia congenita, Myotonia congenita, Myotonia levior	AD/AR	86	313
CLCNKB*	Bartter syndrome	AR	19	119
CLDN16	Hypomagnesemia, renal	AR	21	62
CLDN19	Hypomagnesemia, renal	AR	7	20
CLN3	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 3	AR	100	72
CLN5	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 5	AR	62	47
CLN6	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 6	AR	41	83
CLN8	Neuronal ceroid lipofuscinosis, type 8	AR	45	44
CLPB	3-methylglutaconic aciduria with cataracts, neurologic involvement, and neutropenia (MEGCANN)	AD/AR	26	25
CNNM2	Hypomagnesemia, renal, Hypomagnesemia, seizures, and mental retardation	AD/AR	5	6
CNNM4	Jalili syndrome	AR	11	24
COG1	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	3
COG4	Congenital disorder of glycosylation	AD/AR	12	4
COG5	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	13
COG6	Congenital disorder of glycosylation, Shaheen syndrome	AR	10	9
COG7	Congenital disorder of glycosylation	AR	7	5
COG8	Congenital disorder of glycosylation	AR	5	7
COL11A2	Weissenbacher-Zweymuller syndrome, Deafness, Otospondylomegaepiphyseal dysplasia, Fibrochondrogenesis, Stickler syndrome type 3 (non-ocular)	AD/AR	29	57
COL2A1	Avascular necrosis of femoral head, Rhegmatogenous retinal detachment, Epiphyseal dysplasia, with myopia and deafness, Czech dysplasia, Achondrogenesis type 2, Platyspondylic dysplasia Torrance type, Hypochondrogenesis, Spondyloepiphyseal dysplasia congenital (SEDC), Spondyloepimetaphyseal dysplasia (SEMD) Strudwick type, Kniest dysplasia, Spondyloperipheral dysplasia, Mild SED with premature onset arthrosis, SED with metatarsal shortening, Stickler syndrome type 1	AD/AR	180	561
COQ2	Coenzyme Q10 deficiency	AR	16	31
COQ4	Coenzyme Q10 deficiency 7	AR	14	13
COQ5	Coenzyme Q10 deficiency	AR	1	2
COQ6	Coenzyme Q10 deficiency	AR	14	15
COQ7	Coenzyme Q10 deficiency, primary 8	AR	1	2
COQ9	Coenzyme Q10 deficiency	AR	2	5
CPOX	Coproporphyria, Harderoporphyria	AD/AR	15	70
CPS1	Carbamoylphosphate synthetase I deficiency	AR	61	269
CPT1A	Carnitine palmitoyltransferase deficiency	AR	60	51
CPT2	Carnitine palmitoyltransferase II deficiency	AR	72	111
CTDP1	Congenital cataracts, facial dysmorphism, and neuropathy	AR	1	1
CTH	Cystathioninuria	AR	5	9
CTNS	Cystinosis	AR	76	148
CTSA	Galactosialidosis	AR	17	38
CTSC	Periodontitis, juvenile, Haim-Munk syndrome, Papillon-Lefevre syndrome	AR	19	92
CTSD	Ceroid lipofuscinosis, neuronal	AR	12	18
CTSK	Pycnodysostosis	AR	35	58
CUBN*	Megaloblastic anemia-1, Finnish	AR	42	53
D2HGDH	D-2-hydroxyglutaric aciduria 1	AR	13	33
DAG1	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	12	10
DBT	Maple syrup urine disease	AR	39	75
DDOST	Congenital disorder of glycosylation	AR	3	2
DGUOK	Mitochondrial DNA depletion syndrome, Portal hypertension, noncirrhotic, Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, autosomal recessive 4	AR	23	62
DHCR7	Smith-Lemli-Opitz syndrome	AR	88	217
DHDDS	Retinitis pigmentosa, Developmental delay and seizures with or without movement abnormalities (DEDSM)	AD/AR	5	8
DHODH	Postaxial acrofacial dysostosis (Miller syndrome)	AR	8	20
DLD	Dihydrolipoyl dehydrogenase deficiency	AR	36	21
DMD	Becker muscular dystrophy, Duchenne muscular dystrophy, Dilated cardiomyopathy (DCM)	XL	832	3915
DNAJB6	Muscular dystrophy, limb-girdle	AD	11	17
DNAJC12	Hyperphenylalaninemia, mild, non-BH4-deficient, Dystonia, Other hyperphenylalaninemias	AR	3	8
DNM1L	Encephalopathy due to defective mitochondrial and peroxisomal fission 1	AD/AR	17	20
DOLK	Congenital disorder of glycosylation	AR	8	11
DPAGT1	Congenital disorder of glycosylation, Myasthenic syndrome, congenital	AR	16	32
DPM1	Congenital disorder of glycosylation	AR	9	8
DPM2	Congenital disorder of glycosylation	AR	2	2
DPM3	Congenital disorder of glycosylation, Dilated cardiomyopathy (DCM), Limb-girdle muscular dystrophy	AR	3	2
DPYD	5-fluorouracil toxicity	AD/AR	62	86
DPYS	Dihydropyriminidase deficiency	AR	8	29
DYM	Dyggve-Melchior-Clausen dysplasia, Smith-McCort dysplasia	AR	22	34
DYSF	Miyoshi muscular dystrophy, Muscular dystrophy, limb-girdle, Myopathy, distal, with anterior tibial onset	AR	244	529
EBP	Chondrodysplasia punctata, Male EBP disorder with neurologic defects (MEND)	XL	43	90
ECHS1	Mitochondrial short-chain enoyl-CoA hydratase 1 deficiency	AR	23	33
EGF	Hypomagnesemia, renal	AR	1	4
EMD	Emery-Dreifuss muscular dystrophy	XL	48	113
ENO3	Glycogen storage disease	AR	3	6
EPM2A	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	17	77
ETFA	Glutaric aciduria, Multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	8	29
ETFB	Glutaric aciduria, Multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	6	15
ETFDH	Glutaric aciduria, Multiple acyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	43	190
FAH	Tyrosinemia	AR	53	102
FAM111A	Kenny-Caffey syndrome, type 2	AD	5	9
FBP1	Fructose-1,6-bisphosphatase deficiency	AR	25	44
FBXL4	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	55	47
FDX1L	Myopathy	AR	1	2
FECH	Protoporphyria, erythropoietic	AD/AR	14	193
FH	Hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer, Fumarase deficiency	AD/AR	178	207
FHL1*	Myopathy with postural muscle atrophy, Emery-Dreifuss muscular dystrophy, Reducing bod myopathy	XL	26	62
FKRP	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	66	140
FKTN	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy, Dilated cardiomyopathy (DCM), Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle)	AR	45	58
FLAD1	Lipid storage myopathy due to FLAD1 deficiency (LSMFLAD)	AR	9	10
FLNA	Frontometaphyseal dysplasia, Osteodysplasty Melnick-Needles, Otopalatodigital syndrome type 1, Otopalatodigital syndrome type 2, Terminal osseous dysplasia with pigmentary defects, Periventricular nodular heterotopia 1, Melnick-Needles syndrome, Intestinal pseudoobstruction, neuronal, X-linked/Congenital short bowel syndrome, Cardiac valvular dysplasia, X-linked	XL	133	257
FLNB	Larsen syndrome (dominant), Atelosteogenesis type 1, Atelosteogenesis type 3, Spondylo-carpal-tarsal dyspasia, Boomerang dysplasia	AD/AR	43	121
FMO3	Trimethylaminuria	AR	21	52
FOLR1	Cerebral folate deficiency	AR	10	28
FOXRED1	Leigh syndrome, Mitochondrial complex I deficiency	AR	15	8
FUCA1	Fucosidosis	AR	19	33
FUT8	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	4
FXYD2	Hypomagnesemia, renal	AD	1	1
G6PC	Glycogen storage disease	AR	46	117
GAA	Glycogen storage disease	AR	193	573
GALC	Krabbe disease	AR	107	243
GALE	Galactose epimerase deficiency	AR	12	26
GALK1	Galactokinase deficiency	AR	15	44
GALNS	Mucopolysaccharidosis (Morquio syndrome)	AR	53	334
GALT	Galactosemia	AR	238	330
GAMT	Guanidinoacetate methyltransferase deficiency	AR	18	58
GATM	Arginine:glycine amidinotransferase deficiency	AD/AR	7	21
GBA*	Gaucher disease	AR	84	488
GBE1	Glycogen storage disease	AR	36	70
GCDH	Glutaric aciduria	AR	90	241
GCH1	Dopa-Responsive Dystonia Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient, GTP Cyclohydrolase 1-Deficient Dopa-Responsive Dystonia	AD/AR	48	240
GCK	Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, Diabetes mellitus, permanent neonatal, Maturity-onset diabetes of the young, type 2	AD/AR	178	837
GCSH	Glycine encephalopathy	AR	4	2
GFM1	Combined oxidative phosphorylation deficiency	AR	19	19
GIF	Intrinsic factor deficiency	AR	7	22
GLA	Fabry disease	XL	226	937
GLB1	GM1-gangliosidosis, Mucopolysaccharidosis (Morquio syndrome)	AR	90	220
GLDC	Glycine encephalopathy	AR	139	425
GLRX5	Spasticity, childhood-onset, with hyperglycinemia	AR	5	6
GLUD1*	Hyperammonemia-hyperinsulinism, Hyperinsulinemic hypoglycemia	AD/AR	14	38
GLUL	Glutamine deficiency, congenital	AR	4	3
GM2A	GM2-gangliosidosis, AB variant	AR	10	12
GMPPA	Alacrima, achalasia, and mental retardation syndrome	AR	6	12
GMPPB	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), Limb-girdle muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	19	41
GNE	Proximal myopathy and ophthalmoplegia, Nonaka myopathy, Sialuria	AD/AR	78	214
GNMT	Glycine N-methyltransferase deficiency	AR	3	5
GNPAT	Rhizomelic chondrodysplasia punctata, rhizomelic	AR	8	14
GNPTAB	Mucolipidosis	AR	166	184
GNPTG	Mucolipidosis	AR	45	46
GNS	Mucopolysaccharidosis (Sanfilippo syndrome)	AR	7	25
GPC3	Simpson-Golabi-Behmel syndrome	XL	33	75
GPHN	Hyperekplexia, Molybdenum cofactor deficiency	AD/AR	35	20
GUSB*	Mucopolysaccharidosis	AR	27	62
GYG1	Glycogen storage disease, Polyglucosan body myopathy 2	AR	9	16
GYS1	Glycogen storage disease	AR	8	5
GYS2	Glycogen storage disease	AR	20	23

Σημειώσεις

# Το γονίδιο που σημειώνεται με αυτό το σύμβολο έχει μη βέλτιστη κάλυψη. Λιγότερο από το 90% των νουκλεοτιδίων-στόχων του γονιδίου καλύπτονται σε >20x με ποιοτικές αναγνώσεις χαρτογράφησης (MQ>20). Ορισμένα εξόνια που αναφέρονται στην ενότητα Περιορισμοί Ανάλυσης ενδέχεται να αποκλειστούν εάν δεν είναι δυνατή η αξιόπιστη αλληλούχισή τους.

* Ορισμένες ή όλες οι περιοχές του γονιδίου είναι διπλασιασμένες στο γονιδίωμα, γεγονός που μπορεί να μειώσει την ευαισθησία στην ανίχνευση παραλλαγών. Τα γονίδια που σημειώνονται με * ή # ενδέχεται να μην είναι διαθέσιμα ως αναλύσεις μεμονομένων γονιδίων.

Συντμήσεις & Παραπομπές

Γονίδιο → Σύμβολο γονιδίου εγκεκριμένο από την HGNC.
Κληρονομικότητα → αυτοσωμική επικρατής (AD), αυτοσωμική υπολειπόμενη (AR), μιτοχονδριακή (mi), φυλοσύνδετη (XL), φυλοσύνδετη επικρατής (XLD), φυλοσύνδετη υπολειπόμενη (XLR).
ClinVar → αριθμός παθογόνων/πιθανώς παθογόνων παραλλαγών (ClinVar).
HGMD → αριθμός παραλλαγών με πιθανή συσχέτιση με ασθένειες (HGMD).
Συσχετιζόμενοι φαινότυποι → συντάχθηκαν από το CGD ή το Mitomap.

Γονίδια H-Z και Συσχετιζόμενοι Φαινότυποι (Πλήρης Γονιδιακός Έλεγχος για Μεταβολικές Διαταραχές)

Γονίδιο	Σχετικοί φαινότυποι	Κληρονομικότητα	ClinVar	HGMD
HADH	3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	10	26
HADHA	Trifunctional protein deficiency, Long-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase deficiency	AR	65	71
HADHB	Trifunctional protein deficiency	AR	20	65
HAMP	Hemochromatosis	AR	5	15
HCFC1	Combined methylmalonic acidemia and hyperhomocysteinemia	XL	9	17
HEXA	Tay-Sachs disease, GM2-gangliosidosis, Hexosaminidase A deficiency	AR	128	194
HEXB	Sandhoff disease	AR	55	120
HFE	Hemochromatosis	AR/Digenic	11	56
HFE2	Hemochromatosis	AR	19	51
HGD	Alkaptonuria	AR	43	136
HGSNAT	Mucopolysaccharidosis (Sanfilippo syndrome), Retinitis pigmentosa	AR	43	72
HIBCH	3-hydroxyisobutryl-CoA hydrolase deficiency	AR	18	16
HLCS	Holocarboxylase synthetase deficiency	AR	34	47
HMBS	Porphyria, acute intermittent, Hydroxymethylbilane synthase deficiency	AD/AR	55	419
HMGCL	3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase deficiency	AR	24	60
HMGCS2	3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 2 deficiency	AR	9	30
HNF1A	Maturity onset diabetes of the young	AD	78	528
HNF1B	Renal cell carcinoma, nonpapillary chromophobe, Renal cysts and diabetes syndrome	AD	35	234
HNF4A	Congenital hyperinsulinism, diazoxide-responsive, Maturity onset diabetes of the young, Fanconi renotubular syndrome 4 with maturity-onset diabetes of the young	AD	32	147
HPD	Hawksinuria, Tyrosinemia	AD/AR	6	9
HPRT1	Lesch-Nyhan syndrome, Kelley-Seegmiller syndrome	XL	72	427
HRAS	Costello syndrome, Congenital myopathy with excess of muscle spindles	AD	43	31
HSD17B10	17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase deficiency, Mental retardation, syndromic	XL	10	15
HSD17B4	Perrault syndrome, D-bifunctional protein deficiency	AR	60	99
HYAL1	Mucopolysaccharidosis	AR	2	3
IDH2	D-2-hydroxyglutaric aciduria 2	AD	10	4
IDS*	Mucopolysaccharidosis	XL	85	637
IDUA	Mucopolysaccharidosis	AR	105	282
IFIH1	Singleton-Merten syndrome, Aicardi-Goutieres syndrome 7	AD/AR	14	19
INSR	Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, Rabson-Mendenhall syndrome, Donohoe syndrome	AD/AR	44	190
ISCU	Myopathy with lactic acidosis	AR	3	3
IVD	Isovaleric acidemia	AR	51	90
KCNA1	Episodic ataxia/myokymia syndrome	AD	24	45
KCNJ10	Seizures, sensorineural deafness, ataxia, mental retardation, and electrolyte imbalance (SESAME syndrome), Pendred syndrome, Enlarged vestibular aqueduct	AR/Digenic	13	29
KCNJ11	Hyperinsulinemic hypoglycemia, Diabetes, permanent neonatal, Diabetes mellitus, transient neonatal, Maturity-onset diabetes of the young 13, Paternally-inherited mutations can cause Focal adenomatous hyperplasia	AD/AR	63	178
KCNJ2	Short QT syndrome, Andersen syndrome, Long QT syndrome, Atrial fibrillation	AD	41	93
L2HGDH	L-2-hydroxyglutaric aciduria	AR	15	79
LAMA2	Muscular dystrophy, congenital merosin-deficient	AR	199	301
LAMP2	Danon disease	XL	62	101
LARGE	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	19	27
LCT	Lactase deficiency	AR	11	15
LDB3	Dilated cardiomyopathy (DCM), Myopathy, myofibrillar	AD	9	14
LDHA	Glycogen storage disease	AR	1	9
LIAS	Pyruvate dehydrogensae lipoic acid synthetase deficiency	AR	11	8
LIPA	Wolman disease, Cholesterol ester storage disease	AR	27	93
LIPE	Abdominal obesity-metabolic syndrome 4	AR	3	4
LIPT1	Lipoyltransferase 1 deficiency	AR	9	9
LMBRD1	Methylmalonic aciduria and homocystinuria	AR	4	9
LMNA	Heart-hand syndrome, Slovenian, Limb-girdle muscular dystrophy, Muscular dystrophy, congenital, LMNA-related, Lipodystrophy (Dunnigan), Emery-Dreiffus muscular dystrophy, Malouf syndrome, Dilated cardiomyopathy (DCM), Mandibuloacral dysplasia type A, Progeria Hutchinson-Gilford type	AD/AR	250	564
LPIN1	Myoglobinuria, acute, recurrent	AR	6	29
MAGT1	Immunodeficiency, with magnesium defect, Epstein-Barr virus infection and neoplasia, Mental retardation, X-linked 95	XL	8	14
MAN1B1	Intellectual developmental disorder	AR	8	26
MAN2B1	Mannosidosis, alpha B, lysosomal	AR	63	149
MANBA	Mannosidosis, lysosomal	AR	16	19
MCCC1	3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase 1 deficiency	AR	40	105
MCCC2	3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase 2 deficiency	AR	24	114
MCEE	Methylmalonyl-CoA epimerase deficiency	AR	1	4
MCOLN1	Mucolipidosis	AR	52	36
MFN2	Hereditary motor and sensory neuropathy, Charcot-Marie-Tooth disease	AD/AR	70	223
MFSD8	Ceroid lipofuscinosis, neuronal	AR	27	47
MGAT2	Congenital disorder of glycosylation	AR	6	5
MLYCD	Malonyl-CoA decarboxylase deficiency	AR	14	38
MMAA	Methylmalonic acidemia	AR	61	75
MMAB	Methylmalonic acidemia	AR	31	40
MMACHC	Methylmalonic aciduria and homocystinuria	AR	59	93
MMADHC	Methylmalonic aciduria and homocystinuria	AR	16	13
MOCOS	Xanthinuria, type II	AR	3	5
MOCS1*	Molybdenum cofactor deficiency	AR	7	35
MOCS2	Molybdenum cofactor deficiency	AR	10	16
MOGS	Congenital disorder of glycosylation	AR	7	8
MPDU1	Congenital disorder of glycosylation	AR	7	7
MPI	Congenital disorder of glycosylation	AR	27	20
MPV17	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	35	50
MT-ATP6	Neuropathy, ataxia, and retinitis pigmentosa, Leber hereditary optic neuropathy, Ataxia and polyneuropathy, adult-onset, Cardiomyopathy, infantile hypertrophic, Leigh syndrome, Striatonigral degeneration, infantile, mitochondrial	Mitochondrial	19
MT-ATP8	Cardiomyopathy, apical hypertrophic, and neuropathy, Cardiomyopathy, infantile hypertrophic	Mitochondrial	4
MT-CO1	Myoglobinuria, recurrent, Leber hereditary optic neuropathy, Sideroblastic anemia, Cytochrome C oxidase deficiency, Deafness, mitochondrial	Mitochondrial	17
MT-CO2	Cytochrome c oxidase deficiency	Mitochondrial	8
MT-CO3	Cytochrome c oxidase deficiency, Leber hereditary optic neuropathy	Mitochondrial	9
MT-CYB		Mitochondrial	69
MT-ND1	Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Leber hereditary optic neuropathy, Leber optic atrophy and dystonia	Mitochondrial	21
MT-ND2	Leber hereditary optic neuropathy, Mitochondrial complex I deficiency	Mitochondrial	6
MT-ND3	Leber optic atrophy and dystonia, Mitochondrial complex I deficiency	Mitochondrial	7
MT-ND4	Leber hereditary optic neuropathy, Leber optic atrophy and dystonia, Mitochondrial complex I deficiency	Mitochondrial	11
MT-ND4L	Leber hereditary optic neuropathy	Mitochondrial	2
MT-ND5	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Leber hereditary optic neuropathy, Mitochondrial complex I deficiency	Mitochondrial	19
MT-ND6	Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Oncocytoma, Leber hereditary optic neuropathy, Leber optic atrophy and dystonia, Mitochondrial complex I deficiency	Mitochondrial	16
MT-RNR1	Deafness, mitochondrial	Mitochondrial	3
MT-RNR2	Chloramphenicol toxicity/resistance	Mitochondrial	2
MT-TA		Mitochondrial	4
MT-TC	Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes	Mitochondrial	3
MT-TD		Mitochondrial	1
MT-TE	Diabetes-deafness syndrome, Mitochondrial myopathy, infantile, transient, Mitochondrial myopathy with diabetes	Mitochondrial	5
MT-TF	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Nephropathy, tubulointerstitial, Encephalopathy, mitochondrial, Epilepsy, mitochondrial, Myopathy, mitochondrial, Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes	Mitochondrial	7
MT-TG		Mitochondrial	3
MT-TH		Mitochondrial	4
MT-TI		Mitochondrial	7
MT-TK	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Leigh syndrome	Mitochondrial	5
MT-TL1	Cytochrome c oxidase deficiency, Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes, Diabetes-deafness syndrome, Cyclic vomiting syndrome, SIDS, susceptibility to	Mitochondrial	14
MT-TL2	Mitochondrial multisystemic disorder, Progressive external ophthalmoplegia, Mitochondrial Myopathy, Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes	Mitochondrial	5
MT-TM	Leigh syndrome, Mitochondrial multisystemic disorder	Mitochondrial	1
MT-TN	Progressive external ophthalmoplegia, Mitochondrial multisystemic disorder	Mitochondrial	3
MT-TP		Mitochondrial	2
MT-TQ	Mitochondrial multisystemic disorder	Mitochondrial	2
MT-TR	Encephalopathy, mitochondrial	Mitochondrial	2
MT-TS1	Myoclonic epilepsy with ragged red fibers, Mitochondrial myopathy, encephalopathy, lactic acidosis, and stroke-like episodes	Mitochondrial	10
MT-TS2	Mitochondrial multisystemic disorder	Mitochondrial	2
MT-TT		Mitochondrial	5
MT-TV	Hypertrophic cardiomyopathy (HCM), Leigh syndrome, Mitochondrial multisystemic disorder, Mitochondrial encephalomyopathy with lactic acidosis and stroke-like episodes	Mitochondrial	3
MT-TW	Leigh syndrome, Myopathy, mitochondrial	Mitochondrial	8
MT-TY	Mitochondrial multisystemic disorder	Mitochondrial	4
MTHFR	Homocystinuria due to MTHFR deficiency	AR	65	122
MTR	Methylmalonic acidemia	AR	13	43
MTRR	Homocystinuria-megaloblastic anemia, cobalamin E	AR	10	31
MUT	Methylmalonic acidemia due to methylmalonyl-CoA mutase deficiency	AR	159	366
MYH3	Arthrogryposis	AD/AR	21	45
MYOT	Myopathy, myofibrillar, Muscular dystrophy, limb-girdle, 1A, Myopathy, spheroid body	AD	6	16
NAGA	Kanzaki disease, Alpha-n-acetylgalactosaminidase deficiency, Schindler disease type I, Schindler disease type III	AR	7	10
NAGLU	Mucopolysaccharidosis (Sanfilippo syndrome), Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2V	AR	74	171
NAGS	N-acetylglutamate synthase deficiency	AR	12	48
NBAS	Infantile liver failure syndrome 2, Short stature, optic nerve atrophy, and Pelger-Huet anomaly (SOPH syndrome)	AR	23	43
NDUFAF2	Mitochondrial complex I deficiency, Leigh syndrome	AR	9	8
NDUFS1	Mitochondrial complex I deficiency	AR	22	28
NEU1	Sialidosis	AR	22	62
NFU1	Multiple mitochondrial dysfunctions syndrome 1	AR	6	15
NGLY1	Congenital disorder of deglycosylation	AR	26	22
NHLRC1	Epilepsy, progressive myoclonic	AR	14	70
NIPA2	Hypomagnesemia	AD/AR	1	4
NPC1	Niemann-Pick disease	AR	164	472
NPC2	Niemann-pick disease	AR	21	27
NT5C3A	Uridine 5-prime monophosphate hydrolase deficiency, hemolytic anemia due to	AR	10	28
OAT	Gyrate atrophy of choroid and retina	AR	67	71
OPA1	Optic atrophy, Optic atrophy 1, Optic atrophy with or without deafness, Ophthalmoplegia, myopathy, ataxia, and neuropathy, Behr synrome, Mitochondrial DNA depletion syndrome 14	AD/AR	96	390
OPA3	Optic atrophy, 3-methylglutaconic aciduria	AD/AR	13	15
OTC	Ornithine transcarbamylase deficiency	XL	343	513
OXCT1	Succinyl CoA:3-oxoacid CoA transferase deficiency	AR	7	33
PAH	Hyperphenylalaninemia, non-PKU mild, Phenylketonuria	AR	294	966
PC	Pyruvate carboxylase deficiency	AR	32	41
PCBD1	Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient	AR	6	11
PCCA	Propionic acidemia	AR	66	125
PCCB#	Propionic acidemia	AR	68	115
PCK1	Phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 deficiency	AR	2	3
PDHA1	Leigh syndrome, Pyruvate dehydrogenase E1-alpha deficiency	XL	66	192
PDHB	Pyruvate dehydrogensae E1-beta deficiency	AR	4	13
PDHX	Pyruvate dehydrogenase E3-binding protein deficiency	AR	14	22
PDSS1#	Coenzyme Q10 deficiency	AR	5	3
PDSS2	Coenzyme Q10 deficiency	AR	8	4
PDX1	Pancreatic agenesis, Neonatal diabetes mellitus, Maturity-onset diabetes of the young, type 4, Lactic acidemia due to PDX1 deficiency	AD/AR	10	28
PEPD	Prolidase deficiency	AR	12	31
PEX1	Heimler syndrome, Peroxisome biogenesis factor disorder 1A, Peroxisome biogenesis factor disorder 1B	AR	112	134
PEX10	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder, Ataxia	AR	34	29
PEX11B	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	5	7
PEX12	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	43	37
PEX13	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	9	10
PEX14	Peroxisome biogenesis factor disorder 14, Zellweger syndrome	AR	5	4
PEX16	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	8	13
PEX19	Peroxisome biogenesis disorder, 19, Zellweger syndrome	AR	3	4
PEX2	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	16	18
PEX26	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	13	27
PEX3	Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	4	10
PEX5	Adrenoleukodystrophy, neonatal, Rhizomelic chondrodysplasia punctata, Zellweger syndrome, Peroxisome biogenesis disorder	AR	8	14
PEX6	Heimler syndrome, Peroxisome biogenesis disorder 4A, Peroxisome biogenesis disorder 4B	AR	58	107
PEX7	Refsum disease, Rhizomelic CDP type 1	AR	44	53
PFKM	Glycogen storage disease	AR	12	26
PGAM2	Glycogen storage disease	AR	4	11
PGK1	Phosphoglycerate kinase 1 deficiency	XL	16	26
PGM1	Congenital disorder of glycosylation	AR	11	35
PHKA1	Glycogen storage disease	XL	9	8
PHKA2	Glycogen storage disease, type IXa1/Glycogen storage disease, type IXa2 (Phosphorylase kinase deficiency)	XL	36	114
PHKB	Glycogen storage disease	AR	9	26
PHKG2	Glycogen storage disease	AR	12	33
PHYH	Refsum disease	AR	12	36
PLIN1	Lipodystrophy, familial partial	AD	3	6
PMM2	Congenital disorder of glycosylation	AR	76	128
PNP	Purine nucleoside phosphorylase deficiency	AR	11	33
PNPLA2	Neutral lipid storage disease with myopathy	AR	13	35
POLG	POLG-related ataxia neuropathy spectrum disorders, Sensory ataxia, dysarthria, and ophthalmoparesis, Alpers syndrome, Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, Mitochondrial DNA depletion syndrome	AD/AR	89	290
POLG2	Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions	AD	5	14
POMGNT1	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	96	88
POMGNT2	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 8	AR	6	9
POMK	Congenital muscular dystrophy-dystroglycanopathy with brain and eye anomalies, type A, 12, Congenital muscular dystrophy-dystroglycanopathy with brain and eye anomalies, type C, 12, Muscle-eye brain disease, Walker-Warburg syndrome	AR	6	8
POMT1	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	47	96
POMT2	Muscular dystrophy-dystroglycanopathy	AR	45	73
PPARG	Insulin resistance, Lipodystrophy, familial, partial	AD/Digenic (Severe digenic insulin resistance can be due to digenic mutations in PPP1R3A and PPARG)	19	49
PPOX	Porphyria variegata	AD/AR	16	183
PPT1	Ceroid lipofuscinosis, neuronal	AR	94	77
PRKAG2	Hypertrophic cardiomyopathy (HCM), Wolff-Parkinson-White syndrome, Glycogen storage disease of heart, lethal congenital	AD	19	57
PRKAG3	Increased glyogen content in skeletal muscle	AD	1	1
PRODH*	Hyperprolinemia	AR	52	10
PRPS1*	Phosphoribosylpyrophosphate synthetase I superactivity, Arts syndrome, Charcot-Marie-Tooth disease, X-linked recessive, 5, Deafness, X-linked 1	XL	27	32
PSAP	Krabbe disease, atypical, Metachromatic leukodystrophy due to saposin-b deficiency, Combined saposin deficiency, Gaucher disease, atypical, due to saposin C deficiency	AD/AR	18	26
PTF1A	Pancreatic and cerebellar agenesis, Pancreatic agenesis 2	AR	4	16
PTRF	Lipodystrophy, congenital generalized	AR	9	15
PTS	Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient	AR	34	112
PYGL	Glycogen storage disease	AR	21	44
PYGM	Glycogen storage disease	AR	77	168
QDPR	Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient	AR	14	66
RAI1	Smith-Magenis syndrome	AD	37	112
RBCK1	Polyglucosan body myopathy	AR	11	14
REN	Hyperuricemic nephropathy, Hyperproreninemia, familial, Renal tubular dysgenesis	AD/AR	9	18
RFT1	Congenital disorder of glycosylation	AR	11	13
RNASEH2A	Aicardi-Goutières syndrome	AR	13	21
RNASEH2B	Aicardi-Goutières syndrome	AR	16	41
RNASEH2C	Aicardi-Goutières syndrome	AR	6	14
RRM2B	Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, Mitochondrial DNA depletion syndrome	AD/AR	41	41
RYR1	Central core disease, Malignant hyperthermia, Minicore myopathy with external ophthalmoplegia, Centronuclear myopathy, Minicore myopathy, Multicore myopathy	AD/AR	241	666
SAMHD1	Aicardi-Goutières syndrome, Chilblain lupus 2	AD/AR	25	56
SARS2	Hyperuricemia, pulmonary hypertension, renal failure, and alkalosis	AR	6	5
SCN4A	Hyperkalemic periodic paralysis, Myotonia, potassium-aggravated, Paramyotonia congenita, Myasthenic syndrome, congenital, Normokalemic potassium-sensitive periodic paralysis	AD/AR	57	126
SEC23B	Anemia, dyserythropoietic congenital	AR	18	121
SERAC1	3-methylglutaconic aciduria with deafness, encephalopathy, and Leigh-like syndrome	AR	22	52
SERPINA1	Alpha-1-antitrypsin deficiency	AR	49	80
SGCA	Muscular dystrophy, limb-girdle	AR	60	100
SGCB	Muscular dystrophy, limb-girdle	AR	37	64
SGCD	Muscular dystrophy, limb-girdle, Dilated cardiomyopathy (DCM)	AR	21	27
SGCG	Muscular dystrophy, limb-girdle	AR	33	63
SGSH	Mucopolysaccharidosis (Sanfilippo syndrome)	AR	55	148
SI	Sucrase-isomaltase deficiency, congenital	AR	12	23
SIL1	Marinesco-Sjogren syndrome	AR	14	49
SLC12A3	Gitelman syndrome	AR	49	489
SLC16A1	Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, Erythrocyte lactate transporter defect, Monocarboxylate transporter 1 deficiency, Myoclonic-atonic epilepsy	AD/AR	12	14
SLC17A5	Sialuria, Finnish (Salla disease), Infantile sialic acid storage disorder	AR	52	54
SLC22A5	Carnitine deficiency, systemic primary	AR	98	151
SLC25A1	Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria	AR	8	24
SLC25A13	Citrin deficiency	AR	24	113
SLC25A15*	Hyperornithinemia-hyperammonemia-homocitrullinemia syndrome	AR	24	36
SLC25A20	Carnitine-acylcarnitine translocase deficiency	AR	15	42
SLC25A26	Combined oxidative phosphorylation deficiency 28	AR	4	4
SLC25A3	Micochondrial phosphate carrier deficiency	AR	2	5
SLC25A4	Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, Mitochondrial DNA depletion syndrome	AD/AR	12	14
SLC2A1	Stomatin-deficient cryohydrocytosis with neurologic defects, Epilepsy, idiopathic generalized, GLUT1 deficiency syndrome	AD/AR	106	275
SLC2A2	Glycogen storage disease, Fanconi-Bickel syndrome, Neonatal diabetes mellitus	AR	24	73
SLC30A10	Hypermanganesemia with dystonia, polycythemia, and cirrhosis	AR	15	22
SLC35A1	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	5
SLC35A2	Congenital disorder of glycosylation	XL	16	16
SLC35C1	Congenital disorder of glycosylation, Leukocyte adhesion deficiency	AR	6	7
SLC37A4	Glycogen storage disease	AD/AR	49	113
SLC39A4	Acrodermatitis enteropathica	AR	13	50
SLC3A1	Cystinuria	AR	26	241
SLC40A1	Hemochromatosis	AD	22	62
SLC46A1	Folate malabsorption	AR	17	23
SLC5A1	Glucose/galactose malabsorption	AR	3	58
SLC6A19	Hartnup disease	AR	8	23
SLC6A8*	Creatine deficiency syndrome	XL	38	133
SLC6A9	Glycine encephalopathy with normal serum glycine	AR	6	3
SLC7A7	Lysinuric protein intolerance	AR	55	67
SLC7A9	Cystinuria	AD/AR	24	159
SMPD1	Niemann-Pick disease	AR	110	249
SPG7	Spastic paraplegia	AD/AR	69	111
SRD5A3*	Kahrizi syndrome, Congenital disorder of glycosylation, Retinal dystrophy	AR	13	16
SSR4	Congenital disorder of glycosylation	XL	5	7
STAC3	Native American myopathy		3	4
STT3A	Congenital disorder of glycosylation	AD/AR	1	2
STT3B	Congenital disorder of glycosylation	AR	1	4
SUCLA2	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	9	29
SUCLG1	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	12	28
SUGCT	Glutaric aciduria III	AR	6	7
SUMF1	Multiple sulfatase deficiency	AR	21	53
SUOX	Sulfocysteinuria	AR	8	29
TALDO1	Transaldolase deficiency	AR	6	10
TANGO2	Metabolic encephalomyopathic crises, recurrent, with rhabdomyolysis, cardiac arrhythmias, and neurodegeneration (MECRCN)	AR	13	9
TAT	Tyrosinemia, type II	AR	19	36
TAZ	3-Methylglutaconic aciduria, (Barth syndrome)	XL	45	158
TBC1D4	Diabetes mellitus, noninsulin-dependent	AR	1	2
TCAP	Muscular dystrophy, limb-girdle, Hypertrophic cardiomyopathy (HCM), Dilated cardiomyopathy (DCM)	AD/AR	12	28
TCF4	Corneal dystrophy, Fuchs endothelial, Pitt-Hopkins syndrome	AD	105	146
TCN2	Transcobalamin II deficiency	AR	9	35
TFR2	Hemochromatosis	AR	23	50
TIMM8A*	Mohr-Tranebjaerg syndrome, Jensen syndrome, Opticoacoustic nerve atrophy with dementia	XL	11	21
TK2#	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	38	52
TMEM126A	Optic atrophy	AR	3	1
TMEM165	Congenital disorder of glycosylation	AR	4	6
TMEM70	Mitochondrial complex V (ATP synthase) deficiency	AR	12	18
TNPO3	Muscular dystrophy, limb-girdle	AD	3	5
TPMT*	Thiopurine S-methyltransferase deficiency	AR		16
TPP1	Spinocerebellar ataxia, Neuronal ceroid lipofuscinosis type 2	AR	75	112
TREX1	Vasculopathy, retinal, with cerebral leukodystrophy, Chilblain lupus, Aicardi-Goutières syndrome	AD/AR	30	71
TRIM32	Bardet-Biedl syndrome, Muscular dystrophy, limb-girdle	AR	13	16
TRIM37	Mulibrey nanism	AR	19	23
TRPM6	Hypomagnesemia, intestinal	AR	15	61
TUSC3	Intellectual developmental disorder	AR	6	16
TYMP	Mitochondrial DNA depletion syndrome	AR	84	94
UCP2	Hyperinsulinism	AD/AR		7
UMOD	Familial juvenile hyperuricemic nephropathy, Glomerulocystic kidney disease with hyperuricemia and isosthenuria, Medullary cystic kidney disease 2	AD	33	108
UMPS	Orotic aciduria	AD/AR	3	12
UPB1	Beta-ureidopropionase deficiency	AR	5	17
UROD	Porphyria cutanea tarda, Porphyria, hepatoerythropoietic	AD/AR	15	122
UROS	Porphyria, congenital erythropoietic	AR	22	49
WFS1	Wolfram syndrome, Wolfram-like syndrome, autosomal dominant, Deafness, autosomal dominant 6/14/38, Cataract 41	AD/AR	69	362
XDH	Xanthinuria, type I	AR	10	21
ZMPSTE24	Restrictive dermopathy, lethal, Mandibuloacral dysplasia with B lipodystrophy	AD/AR	13	33

Σημειώσεις

Συντμήσεις & Παραπομπές

Γονίδιο → Σύμβολο γονιδίου εγκεκριμένο από την HGNC.
Κληρονομικότητα → αυτοσωμική επικρατής (AD), αυτοσωμική υπολειπόμενη (AR), μιτοχονδριακή (mi), φυλοσύνδετη (XL), φυλοσύνδετη επικρατής (XLD), φυλοσύνδετη υπολειπόμενη (XLR).
ClinVar → αριθμός παθογόνων/πιθανώς παθογόνων παραλλαγών (ClinVar).
HGMD → αριθμός παραλλαγών με πιθανή συσχέτιση με ασθένειες (HGMD).
Συσχετιζόμενοι φαινότυποι → συντάχθηκαν από το CGD ή το Mitomap.

Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές που καλύπτονται από τον Πλήρη Γονιδιακό Έλεγχο για Μεταβολικές Διαταραχές

Γονίδιο	Γονιδιωματική θέση HG19	HGVS	RefSeq	RS-αριθμός
ABCC8	Chr11:17415959	c.4412-13G>A	NM_000352.3	rs1008906426
ABCC8	Chr11:17427028	c.3399+13G>A	NM_000352.3	rs182340196
ABCC8	Chr11:17449501	c.2041-12C>A	NM_000352.3
ABCC8	Chr11:17449510	c.2041-21G>A	NM_000352.3	rs746714109
ABCC8	Chr11:17449514	c.2041-25G>A	NM_000352.3
ABCC8	Chr11:17452526	c.1672-20A>G	NM_000352.3
ABCC8	Chr11:17465872	c.1333-1013A>G	NM_000352.3
ABCC8	Chr11:17470268	c.1177-53_1177-51delGTG	NM_000352.3	rs1271038564
ACADM	Chr1:76200457	c.388-19T>A	NM_000016.4
ACADM	Chr1:76211473	c.600-18G>A	NM_000016.4	rs370523609
ACADVL	Chr17:7123160	c.-144_-132delCCCAGCATGCCCCinsT	NM_000018.3
ACADVL	Chr17:7125469	c.822-27C>T	NM_001270447.1	rs374911841
ACADVL	Chr17:7125485	c.822-11T>G	NM_001270447.1
ACADVL	Chr17:7126199	c.1146+15C>T	NM_001270447.1	rs202237278
ACADVL	Chr17:7126948	c.1252-15A>G	NM_001270447.1	rs765390290
ACADVL	Chr17:7127894	c.1747+23C>T	NM_001270447.1	rs147546456
ACAT1	Chr11:108004534	c.121-13T>A	NM_000019.3
ADA	Chr20:43248503	c.1079-15T>A	NM_000022.2	rs387906268
ADA	Chr20:43249076	c.976-34G>A	NM_000022.2
ADCK3	Chr1:227174508	c.*72dupG	NM_020247.4
ADSL	Chr22:40742514	c.-49T>C	NM_000026.2
AGL	Chr1:100381954	c.4260-12A>G	NM_000028.2	rs369973784
ALAD	Chr9:116153914	c.165-11C>T	NM_000031.5	rs749066913
ALAD	Chr9:116153914	c.165-11C>A	NM_000031.5
ALAS2	ChrX:55054634	c.-15-2186C>G	NM_000032.4
ALAS2	ChrX:55054635	c.-15-2187T>C	NM_000032.4
ALAS2	ChrX:55054636	c.-15-2188A>G	NM_000032.4
ALAS2	ChrX:55057393	c.-34C>T	NM_000032.4	rs780642606
ALAS2	ChrX:55057617	c.-258C>G	NM_000032.4	rs140772352
ALDOB	Chr9:104183575	c.*516T>A	NM_000035.3
ALDOB	Chr9:104197990	c.-11+1G>C	NM_000035.3	rs181639417
ALDOB	Chr9:104198194		NM_000035.3	rs185972191
ALG6	Chr1:63871975	c.347-13C>G	NM_013339.3
AMN	Chr14:103395424	c.514-34G>A	NM_030943.3	rs144077391
AMN	Chr14:103396444	c.1007-31_1006+34delCCTCGCCCCGCCGCG	NM_030943.3	rs386834161
AMN	Chr14:103396458	c.1007-29_1006+36delTCGCCCCGCCGCGGG	NM_030943.3	rs386834162
AMT	Chr3:49459938	c.-55C>T	NM_000481.3	rs386833677
ARG1	Chr6:131901748	c.306-611T>C	NM_000045.3
ARSA	Chr22:51064121	c.1108-12C>G	NM_000487.5	rs757806374
ARSA	Chr22:51064129	c.1108-20A>G	NM_000487.5
ASS1	Chr9:133327601	c.-5-10C>G	NM_000050.4	rs375136377
ASS1	Chr9:133355236	c.773+49C>T	NM_000050.4	rs763389916
ATP7B	Chr13:52518439	c.3061-12T>A	NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585551	c.-78A>C	NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585596	c.-123C>A	NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585596	c.-128_-124delAGCCG	NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585606	c.-133A>C	NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585683	c.-210A>T	NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585894		NM_000053.3	rs1484840087
ATP7B	Chr13:52585897		NM_000053.3
ATP7B	Chr13:52585915	c.-442G>A	NM_000053.3
BCS1L	Chr2:219524871	c.-147A>G	NM_004328.4
BCS1L	Chr2:219525123	c.-50+155T>A	NM_004328.4	rs386833855
BSCL2	Chr11:62470032	c.405-11A>G	NM_001122955.3
BTD	Chr3:15683399	c.310-15delT	NM_000060.2	rs587783008
CAPN3	Chr15:42678352	c.380-13T>A	NM_000070.2
CAPN3	Chr15:42695919	c.1746-20C>T	NM_000070.2
CAPN3	Chr15:42697047	c.-188G>C	NM_173089.1
CAPN3	Chr15:42702715	c.2184+21G>A	NM_000070.2	rs763572829
CAPN3	Chr15:42702770	c.2185-16A>G	NM_000070.2
CASR	Chr3:121994640	c.1378-19A>C	NM_001178065.1
CAV1	Chr7:116165023	c.-88delC	NM_001753.4
CBS	Chr21:44496326	c.-86_-85+8delAGGTAGAAGA	NM_001178008.1
CLCN1	Chr7:143013247	c.-59C>A	NM_000083.2
CLCN1	Chr7:143029494	c.1167-15_1167-14delCT	NM_000083.2	rs1214185689
CLDN16	Chr3:190127678	c.785-14T>G	NM_006580.3
CLN3	Chr16:28493392	c.1056+34C>A	NM_000086.2
CLN3	Chr16:28497984	c.461-13G>C	NM_000086.2	rs386833721
CLN6	Chr15:68506515	c.297+113G>C	NM_017882.2
COG5	Chr7:106898843	c.1669-15A>G	NM_006348.3
COG6	Chr13:40273614	c.1167-24A>G	NM_020751.2	rs730882236
CPOX	Chr3:98300369	c.1173-14T>G	NM_000097.5
CPOX	Chr3:98310014	c.557-15C>G	NM_000097.5
CPS1	Chr2:211539387	c.4102-239A>G	NM_001875.4
CTNS	Chr17:3539712	c.-643_-642insT	NM_004937.2
CTNS	Chr17:3543481	c.-19-1G>A	NM_001031681.2
CTNS	Chr17:3552117	c.141-24T>C	NM_001031681.2
CTNS	Chr17:3563518	c.971-12G>A	NM_001031681.2	rs375952052
CTSC	Chr11:88070895	c.-55C>A	NM_001814.4	rs766114323
CTSK	Chr1:150778521	c.244-29A>G	NM_000396.3
CUBN	Chr10:17088532	c.3330-439C>G	NM_001081.3	rs386833782
D2HGDH	Chr2:242680425	c.293-23A>G	NM_152783.3
DBT	Chr1:100672742	c.1018-550A>G	NM_001918.3	rs796052135
DGUOK	Chr2:74177650	c.444-62C>A	NM_080916.2
DGUOK	Chr2:74177701	c.444-11C>G	NM_080916.2	rs536746349
DHDDS	Chr1:26774026	c.441-24A>G	NM_024887.3	rs764831063
DMD	ChrX:31165653	c.10554-18C>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31200680	c.9974+175T>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:31224814	c.9564-30A>T	NM_004006.2
DMD	ChrX:31225211	c.9564-427T>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31226400	c.9563+1215A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31229031	c.9362-1215A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31241047	c.9361+117A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31279293	c.9225-160A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31279418	c.9225-285A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31279420	c.9225-287C>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:31279780	c.9225-647A>G	NM_004006.2	rs398124091
DMD	ChrX:31279781	c.9225-648A>G	NM_004006.2	rs398124084
DMD	ChrX:31332523	c.9224+9192C>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:31382270	c.9085-15519G>T	NM_004006.2
DMD	ChrX:31613687	c.8217+32103G>T	NM_004006.2
DMD	ChrX:31627738	c.8217+18052A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:31697714	c.7661-11T>C	NM_004006.2
DMD	ChrX:31983146	c.6614+3310G>T	NM_004006.2	rs797045526
DMD	ChrX:32305833	c.6118-15A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32360414	c.5740-15G>T	NM_004006.2
DMD	ChrX:32366860	c.5326-215T>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32379144	c.5325+1743_5325+1760delTATTAAAAAATGGGTAGA	NM_004006.2
DMD	ChrX:32398808	c.4675-11A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32460274	c.3787-843C>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:32470726	c.3603+2053G>C	NM_004006.2
DMD	ChrX:32479316	c.3432+2240A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32479520	c.3432+2036A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32669100	c.961-5831C>T	NM_004006.2	rs398124099
DMD	ChrX:32669194	c.961-5925A>C	NM_004006.2
DMD	ChrX:32716130	c.832-15A>G	NM_004006.2	rs72470513
DMD	ChrX:32827744	c.531-16T>A/G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32827744	c.531-16T>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:32827744	c.531-16T>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:32841967	c.265-463A>G	NM_004006.2
DMD	ChrX:33032666	c.93+5590T>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:33192452	c.31+36947G>A	NM_004006.2
DMD	ChrX:33229483	c.-54T>A	NM_004006.2
DYSF	Chr2:71817308	c.3443-33A>G	NM_003494.3	rs786205083
DYSF	Chr2:71840553	c.4410+13T>G	NM_003494.3
DYSF	Chr2:71889030	c.4886+1249G>T	NM_003494.3
DYSF	Chr2:71900503	c.5668-824C>T	NM_003494.3
DYSF	Chr2:71913729	c.*107T>A	NM_003494.3	rs11903223
EMD	ChrX:153608559	c.266-27_266-10delTCTGCTACCGCTGCCCCC	NM_000117.2
ETFDH	Chr4:159593534	c.-75A>G	NM_004453.2
FECH	Chr18:55238820	c.315-48T>C	NM_000140.3	rs2272783
FECH	Chr18:55238839	c.333-67G>A	NM_001012515.2
FECH	Chr18:55254103	c.-251G>C	NM_000140.3
FKRP	Chr19:47249328	c.-272G>A	NM_024301.4
FKTN	Chr9:108368857	c.648-1243G>T	NM_006731.2
FLNA	ChrX:153581587	c.6023-27_6023-16delTGACTGACAGCC	NM_001110556.1
G6PC	Chr17:41059684	c.446+39G>A	NM_000151.3
G6PC	Chr17:41059687	c.446+42G>A	NM_000151.3
GAA	Chr17:78078341	c.-32-13T>G	NM_000152.3	rs386834236
GAA	Chr17:78078341	c.-32-13T>A	NM_000152.3
GAA	Chr17:78078351	c.-32-3C>A/G	NM_000152.3
GAA	Chr17:78078352	c.-32-2A>G	NM_000152.3
GAA	Chr17:78078353	c.-32-1G>C	NM_000152.3
GAA	Chr17:78078369	c.-17C>T	NM_000152.3
GAA	Chr17:78082266	c.1076-22T>G	NM_000152.3	rs762260678
GAA	Chr17:78090422	c.2190-345A>G	NM_000152.3
GAA	Chr17:78092432	c.2647-20T>G	NM_000152.3
GALC	Chr14:88401064	c.*12G>A	NM_000153.3	rs372641636
GALC	Chr14:88459574	c.-66G>C	NM_000153.3	rs146439771
GALC	Chr14:88459575	c.-67T>G	NM_000153.3	rs571945132
GALC	Chr14:88459917	c.-74T>A	NM_001201402.1
GALC	Chr14:88459971	c.-128C>T	NM_001201402.1	rs181956126
GALK1	Chr17:73761239	c.-22T>C	NM_000154.1	rs545362817
GALNS	Chr16:88898676	c.899-167A>G	NM_000512.4
GALNS	Chr16:88908390	c.245-11C>G	NM_000512.4
GALT	Chr9:34646572-34646576	c.-119_-116delGTCA
GALT	Chr9:34646606	c.-96T>G	NM_000155.3
GALT	Chr9:34647075	c.83-11T>G	NM_000155.3
GALT	Chr9:34648082	c.508-29delT	NM_000155.3	rs111033711
GALT	Chr9:34648519	c.687+66T>A	NM_000155.3
GALT	Chr9:34648904	c.820+13A>G	NM_000155.3	rs111033768
GALT	Chr9:34649617	c.1059+56C>T	NM_000155.3	rs111033821
GAMT	Chr19:1399508	c.391+15G>T	NM_138924.2	rs367567416
GBA	Chr1:155205646	c.1225-14_1225-11delTGTCinsAGT	NM_000157.3
GBA	Chr1:155208109	c.589-12C>G	NM_000157.3
GBA	Chr1:155211053	c.-150A>G	NM_000157.3	rs1232943445
GCDH	Chr19:13010271	c.1244-11A>G	NM_000159.3
GCH1	Chr14:55369403	c.-22C>T	NM_000161.2
GCK	Chr7:44186044	c.1022+18G>A	NM_033507.1	rs150914617
GCK	Chr7:44193073	c.49-15_49-11delCCCCTinsGGGAGGG	NM_033507.1
GCK	Chr7:44229009	c.-457C>T	NM_000162.3	rs548039601
GCK	Chr7:44229109	c.-557G>C	NM_000162.3
GLA	ChrX:100653945	c.640-11T>A	NM_000169.2
GLA	ChrX:100654735	c.640-801G>A	NM_000169.2	rs199473684
GLA	ChrX:100654793	c.640-859C>T	NM_000169.2	rs869312374
GLA	ChrX:100656225	c.547+395G>C	NM_000169.2
GMPPB	Chr3:49761246	c.-87C>T	NM_013334.3	rs780961444
GNPTAB	Chr12:102159106	c.1613-25delA	NM_024312.4	rs777271928
GNPTG	Chr16:1412562	c.610-16_609+28del	NM_032520.4	rs193302853
GYG1	Chr3:148717967	c.481+3276C>G	NM_004130.3

Ο πίνακας συνεχίζεται στην επόμενη καρτέλα.

Υπόμνημα

HGVS: Ονοματολογία της Εταιρείας Παραλλαγών του Ανθρώπινου Γονιδιώματος που χρησιμοποιείται για την περιγραφή παραλλαγών αλληλουχίας (π.χ., c.2678-15C>A).
RefSeq: Προσχώρηση ακολουθίας αναφοράς (μεταγραφή) που χρησιμοποιείται για σχολιασμό παραλλαγής (NCBI RefSeq, π.χ., NM_000138.4).
RS-αριθμός: Αναγνωριστικό αναφοράς dbSNP (rsID) για την παραλλαγή όταν είναι διαθέσιμη.
Γονιδιωματική θέση (HG19): Χρωμοσωμικές συντεταγμένες με βάση την δομή του ανθρώπινου γονιδιώματος GRCh37/hg19.

Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές που καλύπτονται από τον Πλήρη Γονιδιακό Έλεγχο για Μεταβολικές Διαταραχές (Συνέχεια)

Γονίδιο	Γονιδιωματική θέση HG19	HGVS	RefSeq	RS-αριθμός
HADH	Chr4:108945190	c.636+471G>T	NM_001184705.2	rs786200932
HADH	Chr4:108948955	c.709+39C>G	NM_001184705.2
HADHB	Chr2:26500642	c.442+614A>G	NM_000183.2
HADHB	Chr2:26500691	c.442+663A>G	NM_000183.2
HAMP	Chr19:35773328	c.-153C>T	NM_021175.2	rs142126068
HAMP	Chr19:35773453	c.-28G>T	NM_021175.2
HAMP	Chr19:35773456	c.-25G>A	NM_021175.2
HCFC1	ChrX:153237261	c.-970T>C	NM_005334.2	rs398122908
HEXA	Chr15:72640009	c.1146+18A>G	NM_000520.4
HEXB	Chr5:74014605	c.1243-17A>G	NM_000521.3
HEXB	Chr5:74016442	c.1509-26G>A	NM_000521.3	rs201580118
HEXB	Chr5:74016585	c.1613+15_1613+18dupAAGT	NM_000521.3	rs779273534
HEXB	Chr5:74016926	c.1614-16_1615dupTTCATGTTATCTACAGAC	NM_000521.3	rs756912360
HEXB	Chr5:74016929	c.1614-14C>A	NM_000521.3	rs201448394
HFE	Chr6:26087649	c.-20G>A	NM_000410.3	rs138378000
HFE2	Chr1:145414683	c.-89-4dupT	NM_213653.3
HGD	Chr3:120363307	c.650-17G>A	NM_000187.3	rs1309894047
HGD	Chr3:120363346	c.650-56G>A	NM_000187.3	rs1377948705
HGSNAT	Chr8:43028824	c.821-28_821-10delTTGCTTATGCTTTGTACTT	NM_152419.2
HMBS	Chr11:118955302		NM_000190.3	rs782669452
HMBS	Chr11:118955413	c.-331C>T	NM_000190.3
HMBS	Chr11:118955474	c.-270G>A	NM_000190.3
HMBS	Chr11:118955588	c.-154delG	NM_000190.3
HMBS	Chr11:118955622	c.-122T>A	NM_000190.3
HMBS	Chr11:118956445	c.33+669A>G	NM_000190.3
HMBS	Chr11:118958944	c.34-21A>G	NM_000190.3
HMBS	Chr11:118959325	c.88-20A>C	NM_000190.3
HNF1A	Chr12:121416034	c.-538G>C	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416110	c.-462G>A	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416281	c.-291T>C	NM_000545.5	rs534474388
HNF1A	Chr12:121416285	c.-287G>A	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416285		NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416289	c.-283A>C	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416314	c.-258A>G	NM_000545.5	rs756136537
HNF1A	Chr12:121416354	c.-218T>C	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416385	c.-187C>A/T	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416385		NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416385		NM_000545.5	rs970766228
HNF1A	Chr12:121416391		NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416437		NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416446		NM_000545.5	rs780586155
HNF1A	Chr12:121416453	c.-119G>A	NM_000545.5	rs371945966
HNF1A	Chr12:121416475	c.-97T>G	NM_000545.5
HNF1A	Chr12:121416508		NM_000545.5
HNF4A	Chr20:42984253	c.-192C>G	NM_175914.4
HNF4A	Chr20:42984264	c.-181G>A	NM_175914.4
HNF4A	Chr20:42984271	c.-174T>C	NM_175914.4
HNF4A	Chr20:42984276	c.-169C>T	NM_175914.4
HNF4A	Chr20:42984299	c.-146T>C	NM_175914.4
HNF4A	Chr20:42984309	c.-136A>G	NM_175914.4
HNF4A	Chr20:43036000	c.291-21A>G	NM_000457.4
HPRT1	ChrX:133594415	c.27+47C>T	NM_000194.2
HPRT1	ChrX:133628822	c.485+1202T>A	NM_000194.2
HPRT1	ChrX:133632625	c.533-13T>G	NM_000194.2
HSD17B4	Chr5:118837725	c.1285-11C>G	NM_001199291.1	rs779466683
IDS	ChrX:148564764	c.1181-15C>A	NM_000202.5
IDS	ChrX:148568762	c.*57A>G	NM_006123.4
IDS	ChrX:148578704	c.709-657G>A	NM_000202.5
ISCU	Chr12:108961426	c.418+382G>C	NM_213595.2	rs767000507
KCNJ10	Chr1:160039811	c.-1+1G>T	NM_002241.4	rs796052606
KCNJ11	Chr11:17409692	c.-54C>T	NM_000525.3
KCNJ11	Chr11:17409772	c.-134G>T	NM_000525.3	rs387906398
L2HGDH	Chr14:50735527	c.906+354G>A	NM_024884.2
LAMA2	Chr6:129633984	c.3175-22G>A	NM_000426.3	rs777129293
LAMA2	Chr6:129636608	c.3556-13T>A	NM_000426.3	rs775278003
LAMA2	Chr6:129714172	c.5235-18G>A	NM_000426.3	rs188365084
LAMA2	Chr6:129835506	c.8989-12C>G	NM_000426.3	rs144860334
LMNA	Chr1:156100609	c.513+45T>G	NM_170707.3
LMNA	Chr1:156105681	c.937-11C>G	NM_170707.3	rs267607645
LMNA	Chr1:156107037	c.1608+14G>A	NM_170707.3
LMNA	Chr1:156107433	c.1609-12T>G	NM_170707.3	rs267607582
MCCC2	Chr5:70898313	c.384-20A>G	NM_022132.4	rs770917710
MCCC2	Chr5:70939634	c.1073-12C>G	NM_022132.4	rs1280511914
MCEE	Chr2:71337896	c.379-644A>G	NM_032601.3
MLYCD	Chr16:83948547	c.949-14A>G	NM_012213.2	rs761146008
MOCS1	Chr6:39874534	c.365_366delAG	NM_005943.5	rs397518419
MOCS1	Chr6:39876810	c.*7+6T>C	NM_005943.5
MOCS1	Chr6:39894006	c.251-418delT	NM_005943.5
MTHFR	Chr1:11850973	c.1753-18G>A	NM_005957.4	rs777661576
MTHFR	Chr1:11863212	c.-13-28_-13-27delCT	NM_005957.4	rs786204005
MTR	Chr1:236971838	c.340-166A>G	NM_000254.2
MTR	Chr1:236977232	c.609+1088G>A	NM_000254.2	rs752526782
MTR	Chr1:237057461	c.3205-196A>G	NM_000254.2	rs544410324
MTRR	Chr5:7883859	c.984+469T>C	NM_024010.2
MUT	Chr6:49427219	c.-39-1G>A	NM_000255.3
NAGS	Chr17:42078968	c.-3063C>A	NM_153006.2
NBAS	Chr2:15567431	c.2423+404G>C	NM_015909.3
NPC1	Chr18:21132700	c.1554-1009G>A	NM_000271.4
NPC1	Chr18:21137182	c.882-28A>G/T	NM_000271.4
NPC1	Chr18:21137182	c.882-28A>G	NM_000271.4
NPC1	Chr18:21137182	c.882-28A>T	NM_000271.4
OPA1	Chr3:193334932	c.449-34dupA	NM_130837.2
OPA1	Chr3:193374829	c.2179-40G>C	NM_130837.2
OTC	ChrX:38202566	c.-9384G>T	NM_000531.5
OTC	ChrX:38211584		NM_000531.5	rs191615506
OTC	ChrX:38211793	c.-157T>G	NM_000531.5
OTC	ChrX:38211808	c.-142G>A	NM_000531.5
OTC	ChrX:38211811	c.-139A>G	NM_000531.5
OTC	ChrX:38211834	c.-116C>T	NM_000531.5
OTC	ChrX:38211835	c.-115C>T	NM_000531.5
OTC	ChrX:38211844	c.-106C>A	NM_000531.5	rs749748052
OTC	ChrX:38260946	c.540+265G>A	NM_000531.5
OTC	ChrX:38272343	c.1005+1091C>G	NM_000531.5
PAH	Chr12:103232809	c.*144A>G	NM_000277.1	rs375319584
PAH	Chr12:103237404	c.1199+20G>C	NM_000277.1	rs62509018
PAH	Chr12:103237407	c.1199+17G>A	NM_000277.1	rs62508613
PAH	Chr12:103237568	c.1066-11G>A	NM_000277.1	rs5030855
PAH	Chr12:103237568	c.1066-12delT	NM_000277.1
PAH	Chr12:103237570	c.1066-13T>G	NM_000277.1
PAH	Chr12:103237571	c.1066-14C>G	NM_000277.1	rs62507334
PAH	Chr12:103238075	c.1065+39G>T	NM_000277.1	rs62510582
PAH	Chr12:103260355	c.509+15_509+18delCTTG	NM_000277.1	rs1335303703
PAH	Chr12:103288709	c.169-13T>G	NM_000277.1	rs62507341
PC	Chr11:66620883	c.1369-29A>G	NM_000920.3
PCCA	Chr13:100958030	c.1285-1416A>G	NM_000282.3
PCCB	Chr3:136003251	c.714+462A>G	NM_001178014.1
PDHA1	ChrX:19371182	c.533-17_533-14delTGTT	NM_001173454.1
PDHA1	ChrX:19372579	c.625-30G>A	NM_001173454.1
PDHA1	ChrX:19373648	c.873+26G>A	NM_001173454.1
PDHA1	ChrX:19377849	c.79_90dupAGTCAATGAAAT	NM_001173454.1	rs606231192
PDHA1	ChrX:19377861	c.79_90dupAGTCAATGAAAT	NM_001173454.1
PDHX	Chr11:34988372	c.816+11C>G	NM_003477.2
PEX6	Chr6:42933858	c.2301-15C>G	NM_000287.3	rs267608236
PEX6	Chr6:42933952	c.2300+28G>A	NM_000287.3	rs267608237
PEX7	Chr6:137143759	c.-45C>T	NM_000288.3	rs267608252
PFKM	Chr12:48535459	c.1626-64A>G	NM_001166686.1
PGK1	ChrX:77381262	c.1214-25T>G	NM_000291.3
PHKG2	Chr16:30762416	c.96-11G>A	NM_000294.2	rs751600886
PMM2	Chr16:8891573		NM_000303.2
PMM2	Chr16:8898599	c.179-25A>G	NM_000303.2	rs760689221
PMM2	Chr16:8926102	c.640-15479C>T	NM_000303.2	rs1258107584
PMM2	Chr16:8941558	c.640-23A>G	NM_000303.2
PNP	Chr14:20942914	c.286-18G>A	NM_000270.3
POMT1	Chr9:134379574	c.-30-2A>G	NM_007171.3
POMT2	Chr14:77751989	c.1333-14G>A	NM_013382.5
PPARG	Chr3:12421189	c.83-14A>G	NM_015869.4	rs371713160
PPOX	Chr1:161135755	c.-655G>C	NM_000309.3
PPOX	Chr1:161136225	c.-185G>T	NM_000309.3	rs114493458
PPOX	Chr1:161136462	c.-9G>A	NM_001122764.1	rs999497211
PPOX	Chr1:161138197	c.472-24_472-16delCTTAGTCCT	NM_000309.3
PPOX	Chr1:161140686	c.1249-11T>G	NM_000309.3	rs780277900
PPT1	Chr1:40539203	c.526_529delATCA	NM_000310.3	rs386833624
PPT1	Chr1:40558194	c.125-15T>G	NM_000310.3	rs386833629
PSAP	Chr10:73583679	c.778-26C>A	NM_001042465.1
PTF1A	Chr10:23508305	c.*25470A>G	NM_178161.2
PTF1A	Chr10:23508363	c.*25528A>G	NM_178161.2
PTF1A	Chr10:23508365	c.*25530A>G	NM_178161.2
PTF1A	Chr10:23508437	c.*25602A>G	NM_178161.2
PTF1A	Chr10:23508442	c.*25607A>G	NM_178161.2
PTF1A	Chr10:23508446	c.*25611A>C	NM_178161.2
PTS	Chr11:112098994	c.84-323A>T	NM_000317.2	rs794726657
PTS	Chr11:112099026	c.84-291A>G	NM_000317.2
PTS	Chr11:112101310	c.187-38dupG	NM_000317.2
PYGM	Chr11:64523631	c.661-601G>A	NM_005609.2
PYGM	Chr11:64525847	c.425-26A>G	NM_005609.2	rs764313717
QDPR	Chr4:17500790	c.436+2552A>G	NM_000320.2
REN	Chr1:204129817	c.374-12_374-11delTCinsAG	NM_000537.3
RNASEH2B	Chr13:51501530	c.65-13G>A	NM_024570.3
RNASEH2B	Chr13:51519550	c.511-13G>A	NM_024570.3
RYR1	Chr19:38997317	c.8692+131G>A	NM_000540.2
SEC23B	Chr20:18488060	c.-571A>G	NM_006363.4	rs559854357
SEC23B	Chr20:18488615	c.-16A>G	NM_006363.4
SEC23B	Chr20:18491731	c.221+31A>G	NM_006363.4
SEC23B	Chr20:18491863	c.221+163A>G	NM_006363.4	rs573898514
SEC23B	Chr20:18492791	c.222-78C>T	NM_006363.4	rs150393520
SEC23B	Chr20:18526845	c.1743+168A>G	NM_006363.4	rs111951711
SERAC1	Chr6:158576548	c.92-165C>T	NM_032861.3
SERAC1	Chr6:158576622	c.92-239G>C	NM_032861.3
SERPINA1	Chr14:94854894	c.-5+2dupT	NM_000295.4
SERPINA1	Chr14:94854896	c.-5+1G>A	NM_000295.4	rs775786225
SGCA	Chr17:48246419	c.585-31_585-23delTCTGCTGAC	NM_000023.2
SGCA	Chr17:48246421	c.585-31_585-24delTCTGCTGA	NM_000023.2
SGCA	Chr17:48247492	c.748-12_748-11delCTinsAA	NM_000023.2
SGCG	Chr13:23755086	c.-127_-121delACAGTTG	NM_000231.2	rs1422849467
SGCG	Chr13:23755215	c.-1+1G>T	NM_000231.2
SGSH	Chr17:78190802	c.249+27_249+28delGG	NM_000199.3
SIL1	Chr5:138283180	c.1030-18G>A	NM_022464.4	rs769052639
SLC12A3	Chr16:56903992	c.602-16G>A	NM_000339.2	rs750901478
SLC12A3	Chr16:56914462	c.1567+297T>G	NM_000339.2
SLC16A1	Chr1:113498814	c.-202G>A	NM_003051.3	rs387906403
SLC16A1	Chr1:113499002	c.-391_-390insACGCCGGTCACGTGGCGGGGTGGGG	NM_003051.3	rs606231172
SLC22A5	Chr5:131714054	c.394-16T>A	NM_003060.3	rs775097754
SLC22A5	Chr5:131722665	c.825-52G>A	NM_003060.3
SLC2A1	Chr1:43395462	c.680-11G>A	NM_006516.2
SLC2A1	Chr1:43424429	c.-107G>A	NM_006516.2
SLC2A2	Chr3:170745041	c.-582A>C	NM_000340.1
SLC39A4	Chr8:145641963	c.192+19G>A	NM_130849.3	rs368996660
SLC3A1	Chr2:44528119	c.1012-23C>G	NM_000341.3
SLC40A1	Chr2:190445224	c.-53_-39delGAGCAGCAGCAGCGA	NM_014585.5	rs770737502
SLC40A1	Chr2:190445391	c.-205A>C	NM_014585.5
SLC7A9	Chr19:33334874	c.978-17G>A	NM_014270.4	rs45628833
SMPD1	Chr11:6415102	c.1341-21_1341-18delAATG	NM_000543.4	rs1312743513
STT3B	Chr3:31663820	c.1539+20G>T	NM_178862.1
TAZ	ChrX:153641699	n.694+4G>A	NR_024048.1
TAZ	ChrX:153649161	c.778-63_778-51delCTCCCAGGGCACC	NM_000116.3	rs782249471
TCN2	Chr22:31011112	c.581-176A>G	NM_000355.3	rs372866837
TCN2	Chr22:31011112	c.581-176A>T	NM_000355.3
TIMM8A	ChrX:100601671	c.133-23A>C	NM_004085.3	rs869320666
TMEM165	Chr4:56284334	c.792+182G>A	NM_018475.4	rs793888506
TPP1	Chr11:6637752	c.887-18A>G	NM_000391.3
TRIM37	Chr17:57106096	c.1949-12A>G	NM_015294.3
UROD	Chr1:45481229	c.62_63delAA	NM_000374.4
UROS	Chr10:127477605	c.661-31T>G	NM_000375.2	rs750180293
UROS	Chr10:127505271	c.-26-177T>C	NM_000375.2	rs397515348
UROS	Chr10:127505271	c.-26-177T>A	NM_000375.2
UROS	Chr10:127505277	c.-26-183G>A	NM_000375.2	rs397515349
UROS	Chr10:127505287	c.-26-193C>A	NM_000375.2	rs397515350
UROS	Chr10:127505287	c.-26-193C>G	NM_000375.2
UROS	Chr10:127505291	c.-26-197C>A	NM_000375.2	rs397515351
UROS	Chr10:127511774	c.-203T>C	NM_000375.2	rs869320670
WFS1	Chr4:6271704	c.-43G>T	NM_006005.3

Υπόμνημα

HGVS: Ονοματολογία της Εταιρείας Παραλλαγών του Ανθρώπινου Γονιδιώματος που χρησιμοποιείται για την περιγραφή παραλλαγών αλληλουχίας (π.χ., c.2678-15C>A).
RefSeq: Προσχώρηση ακολουθίας αναφοράς (μεταγραφή) που χρησιμοποιείται για σχολιασμό παραλλαγής (NCBI RefSeq, π.χ., NM_000138.4).
RS-αριθμός: Αναγνωριστικό αναφοράς dbSNP (rsID) για την παραλλαγή όταν είναι διαθέσιμη.
Γονιδιωματική θέση (HG19): Χρωμοσωμικές συντεταγμένες με βάση την δομή του ανθρώπινου γονιδιώματος GRCh37/hg19.

Ο γενετικός έλεγχος του γονιδίου πραγματοποιείται με τη λήψη ενός δείγματος αίματος ή με τη λήψη γενετικού υλικού από το εσωτερικό των παρειών (με μπατονέτα) και μπορεί να γίνει:

Με λήψη του δείγματος στη Διαγνωστική Αθηνών. Κλείστε το ραντεβού σας σε πραγματικό χρόνο και αγοράστε την εξέταση online
Με λήψη του δείγματος στο σπίτι. Σας στέλνουμε όλα τα απαραίτητα υλικά συλλογής στο σπίτι σας μέσω courier. Η επιστροφή του δείγματος στο εργαστήριο γίνεται επίσης μέσω courier. Αγοράστε την εξέταση online

Πλεονεκτήματα της Εξέτασης

Η εξέταση χαρακτηρίζεται από τα ακόλουθα πλεονεκτήματα:

Όλα τα εξόνια του γονιδίου *GBA* περιέχουν πολλαπλά τμηματικά διπλασιασμένα ψευδογονίδια, γεγονός που μπορεί να μειώσει την ευαισθησία της NGS ανάλυσης. Παρ’ όλα αυτά, η παρούσα ανάλυση παρουσιάζει υψηλή κάλυψη (>20x) και υψηλή ποιότητα ευθυγράμμισης (mapping quality >40) για το 99,5% των στοχευμένων περιοχών, με μέση κάλυψη 199x. Επομένως, δεν αναμένονται σημαντικοί περιορισμοί στην ανίχνευση παραλλαγών στο γονίδιο αυτό, αν και δεν έχει πραγματοποιηθεί εκτεταμένη κλινική επικύρωση για τη νόσο Gaucher.
Η ανάλυση πραγματοποιείται σε διαπιστευμένο εργαστήριο (CAP) με τη συμμετοχή πιστοποιημένου προσωπικού (CLIA) σε κλινικές εξετάσεις.
Χρησιμοποιούνται προηγμένες τεχνολογίες αλληλούχησης, μέθοδοι εμπλουτισμού στόχου υψηλής απόδοσης και ακριβείς βιοπληροφορικές διαδικασίες, οι οποίες εξασφαλίζουν κορυφαία αναλυτική επίδοση.
Τα περιεχόμενα των γονιδιακών πάνελ έχουν κατασκευαστεί με προσοχή ώστε να είναι κλινικά αποτελεσματικά και επιστημονικά τεκμηριωμένα.
Σε ορισμένα γονιδιακά πανελ περιλαμβάνεται η ολική αλληλούχηση του μιτοχονδριακού γονιδιώματος (βλ. ενότητα Γονίδια που Ελέγχονται).
Στην κλινικού επιπέδου NGS ανάλυση περιλαμβάνονται περίπου 2.000 μη κωδικοποιητικές παθογόνες παραλλαγές (βλ. ενότητα Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές που καλύπτονται από τον πίνακα).
Εφαρμόζεται αυστηρό σύστημα ταξινόμησης παραλλαγών.
Χρησιμοποιείται συστηματική ροή ερμηνείας με ιδιόκτητο λογισμικό, που επιτρέπει ακριβή και ιχνηλάσιμη επεξεργασία των δεδομένων NGS.
Παρέχονται αναλυτικές και ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές.

Περιορισμοί της Εξέτασης

Υπάρχουν ορισμένοι τεχνικοί και βιολογικοί περιορισμοί:

Τα ακόλουθα εξόνια δεν περιλαμβάνονται στο πάνελ, καθώς δεν καλύπτονται επαρκώς από υψηλής ποιότητας αναγνώσεις αλληλούχισης: ADAMTSL2 NM_014694.4:10-19, ALDH5A1 NM_170740.1:5, ALG8 NM_001007027.3:13, B3GALNT2 NM_001277155.3:2, PCCB NM_001178014.2:4, PDSS1 NM_014317.5:2, TK2 NM_001271934.2:3.
Γονίδια με υποβέλτιστη κάλυψη σημειώνονται με δίεση (#), ενώ εκείνα με τμηματικούς διπλασιασμούς (μερικούς ή ολικούς) που επικαλύπτονται με περιοχές ψευδογονιδίων κατά UCSC σημειώνονται με αστερίσκο (*).
Ένα γονίδιο θεωρείται ότι έχει υποβέλτιστη κάλυψη όταν >90% των στοχευμένων νουκλεοτιδίων δεν καλύπτονται σε >20x με δείκτη ποιότητας χαρτογράφησης (MQ>20). Στις περιπτώσεις αυτές, η ανίχνευση παραλλαγών μπορεί να είναι περιορισμένη.

Δεν ανιχνεύονται μέσω της εξέτασης:

Πολύπλοκες αναστροφές
Μετατροπές γονιδίων (gene conversions)
Ισορροπημένες μεταθέσεις
Διαταραχές επαναλήψεων (repeat expansion disorders), εκτός αν αναφέρεται διαφορετικά
Μη κωδικοποιητικές παραλλαγές πέραν των ±20 ζευγών βάσεων από τα όρια εξονίων–ιντρονίων, εκτός αν έχει καθοριστεί διαφορετικά
Ολόκληρο το μιτοχονδριακό γονιδίωμα δεν περιλαμβάνεται σε όλα τα γονιδιακά πάνελ (βλ. Γονίδια που Ελέγχονται)

Η ανίχνευση ενδέχεται να μην είναι αξιόπιστη για:

Χαμηλού επιπέδου μωσαϊκισμό σε πυρηνικά γονίδια (παραλλαγές με συχνότητα ελάσσονος αλληλίου ~14,6% ανιχνεύονται με πιθανότητα 90%)
Εκτεταμένες ακολουθίες μονονουκλεοτιδικών επαναλήψεων
Χαμηλού επιπέδου ετεροπλασμία σε mtDNA (ανιχνεύεται >90% σε επίπεδο 5%)
Ενθέσεις/απαλοιφές >50 ζευγών βάσεων
Διαγραφές ή διπλασιασμούς ενός εξονίου
Παραλλαγές σε περιοχές ψευδογονιδίων ή διπλασιασμένα τμήματα του γονιδιώματος
Παθογόνες παραλλαγές του mtDNA που δεν ανιχνεύονται στο αίμα· σε αυτές τις περιπτώσεις ενδέχεται να απαιτείται δείγμα από μετα-μιτωτικό ιστό (π.χ. σκελετικός μυς) για την επιβεβαίωση της διάγνωσης

Για πρόσθετες λεπτομέρειες, δείτε την ενότητα Βιοπληροφορική & Απόδοση.

Βιοπληροφορική

Η στοχευμένη περιοχή για κάθε γονίδιο περιλαμβάνει τα κωδικά εξόνια καθώς και ±20 ζεύγη βάσεων από τα όρια εξονίου–ιντρονίου. Επιπλέον, το πάνελ μπορεί να περιλαμβάνει μη κωδικές και ρυθμιστικές παραλλαγές, όπως αναφέρεται στην ενότητα «Μη κωδικές παραλλαγές που καλύπτονται από το πάνελ». Συγκεκριμένες περιοχές ορισμένων γονιδίων ενδέχεται να εξαιρεθούν από την ανάλυση, εφόσον αυτό αναφέρεται στην ενότητα «Περιορισμοί της εξέτασης». Όταν η εξέταση περιλαμβάνει το μιτοχονδριακό γονιδίωμα, η στοχευμένη περιοχή καλύπτει επίσης το σύνολο των μιτοχονδριακών γονιδίων.

Τα δεδομένα αλληλούχισης επεξεργάζονται μέσω ιδιόκτητου συστήματος ανάλυσης και σχολιασμού του συνεργαζόμενου διαπιστευμένου εργαστηρίου, το οποίο ενσωματώνει προηγμένους αλγορίθμους και λογισμικά. Στην πορεία της διαδικασίας έχουν ενσωματωθεί πολλαπλά στάδια ποιοτικού ελέγχου, διασφαλίζοντας την ακρίβεια, την εγκυρότητα και τη συνέπεια των αποτελεσμάτων. Η ανάλυση έχει βελτιστοποιηθεί ώστε να μεγιστοποιεί την ευαισθησία χωρίς να θυσιάζει την ειδικότητα.

Όλα τα ευρήματα συνοψίζονται σε λεπτομερή κλινική αναφορά, η οποία περιλαμβάνει δείκτες ποιότητας αλληλούχισης, πληροφορίες κάλυψης σε επίπεδο γονιδίου και επισήμανση πιθανών περιοχών με χαμηλότερη κάλυψη (<20x για τα πυρηνικά γονίδια και <1000x για το μιτοχονδριακό DNA, όπου εφαρμόζεται). Με αυτόν τον τρόπο διασφαλίζεται η διαφάνεια και υποστηρίζεται η ακριβής κλινική ερμηνεία.

Απόδοση Ανάλυσης

Τα γονίδια που περιλαμβάνονται στο πάνελ έχουν επιλεγεί προσεκτικά, με βάση επιστημονική βιβλιογραφία, βάσεις δεδομένων μεταλλάξεων και τη συσσωρευμένη κλινική εμπειρία.

Όλα τα πάνελ προέρχονται από κλινικού επιπέδου, υψηλής ποιότητας ανάλυση NGS. Αναλυτικές πληροφορίες σχετικά με την ικανότητα ανίχνευσης διαφορετικών τύπων γενετικών αλλοιώσεων παρουσιάζονται στον πίνακα απόδοσης ανάλυσης και ανίχνευσης (βλ. Πίνακα).

Η εξέταση έχει επικυρωθεί για διάφορους τύπους δειγμάτων, όπως αίμα σε EDTA, απομονωμένο DNA (εκτός DNA από ιστούς ενσωματωμένους σε παραφίνη με φορμόλη), σάλιο και αποξηραμένες σταγόνες αίματος σε κάρτες. Οι συγκεκριμένοι τύποι δειγμάτων επιλέχθηκαν ώστε να εξασφαλίζεται η μέγιστη πιθανότητα λήψης DNA υψηλής ποιότητας. Η διαγνωστική απόδοση μπορεί να διαφέρει ανάλογα με τον τύπο της εξέτασης, τον θεράποντα ιατρό, το νοσοκομείο και τη χώρα. Η ανάλυση Plus που χρησιμοποιείται ενισχύει περαιτέρω την πιθανότητα γενετικής διάγνωσης, καθώς οι μεγάλες απαλοιφές και διπλασιασμοί δεν μπορούν να ανιχνευθούν αποκλειστικά μέσω αλληλούχισης. Η προσέγγιση αυτή συνδυάζει τόσο την αλληλούχιση όσο και την ανάλυση απαλοιφών/διπλασιασμών (copy number variants, CNVs).

Οι δείκτες απόδοσης που παρατίθενται παρακάτω βασίζονται σε αρχική επικύρωση που πραγματοποιήθηκε σε διαπιστευμένο κλινικό εργαστήριο, με ισοδύναμα αποτελέσματα να έχουν επιβεβαιωθεί και σε επιπλέον εργαστηριακές εγκαταστάσεις.

Απόδοση της κλινικής βαθμίδας NGS ανάλυσης, για τα πάνελ γονιδιακών ελέγχων

Τύπος παραλλαγής	Ευαισθησία % (TP/(TP+FN))	Ειδικότητα %
Μονο-νουκλεοτιδικές παραλλαγές (SNVs)	99.89% (99,153/99,266)	>99.9999%
Εισαγωγές, διαγραφές και indels με ανάλυση αλληλουχίας
1-10 bp	99.2% (7,745/7,806)	>99.9999%
11-50 bp	99.13% (2,524/2,546)	>99.9999%
Μεταβολές αριθμού αντιγράφων (CNVs, σε επίπεδο εξονίου)
Διαγραφή 1 εξονίου (ετερόζυγη)	100% (20/20)	NA
Διαγραφή 1 εξονίου (ομόζυγη)	100% (5/5)	NA
Διαγραφή 1 εξονίου (ετερόζυγη ή ομόζυγη)	100% (25/25)	NA
Διαγραφή 2-7 εξονίων (ετερόζυγη ή ομόζυγη)	100% (44/44)	NA
Διπλασιασμός 1-9 εξονίων (ετερόζυγη ή ομόζυγη)	75% (6/8)	NA
Προσομοιωμένη ανίχνευση CNVs
Διαγραφή/διπλασιασμός 5 εξονίων	98.7%	100.00%
Μικρο-διαγραφές/-διπλασιασμοί (n=37)
Εύρος μεγέθους (0.1–47 Mb)	100% (25/25)

Δείκτες κάλυψης

Μέσο βάθος αλληλούχισης	143X
Νουκλεοτίδια με κάλυψη >20x (%)	99.86%

Απόδοση ανάλυσης μιτοχονδριακού γονιδιώματος

Τύπος παραλλαγής / κατάσταση	Ευαισθησία %	Ειδικότητα %
Αναλυτική επικύρωση (n=4 δείγματα)
SNVs Ετεροπλασμικές (45-100%)	100% (50/50)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (35-45%)	100% (87/87)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (25-35%)	100% (73/73)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (15-25%)	100% (77/77)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (10-15%)	100% (74/74)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (5-10%)	100% (3/3)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (<5%)	50% (2/4)	100%
Κλινική επικύρωση (n=76 δείγματα)
SNVs Ετεροπλασμικές (45-100%)	100% (1940/1940)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (35-45%)	100% (4/4)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (25-35%)	100% (3/3)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (15-25%)	100% (3/3)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (10-15%)	100% (9/9)	100%
SNVs Ετεροπλασμικές (5-10%)	92.3% (12/13)	99.98%
SNVs Ετεροπλασμικές (<5%)	88.9% (48/54)	99.93%
Indels 1-10bp (45-100% ετερ.)	100% (32/32)	100%
Indels 1-10bp (5-45% ετερ.)	100% (3/3)	100%
Indels 1-10bp (<5% ετερ.)	100% (5/5)	99.997%
Δεδομένα προσομοίωσης
Indels 1-24bp Ομοπλασμικές (100%)	100% (17/17)	99.98%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (50%)	100% (17/17)	99.99%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (25%)	100% (17/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (20%)	100% (17/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (15%)	100% (17/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (10%)	94.1% (16/17)	100%
Indels 1-24bp Ετεροπλασμικές (5%)	94.1% (16/17)	100%
CNVs (τεχνητές μεταλλάξεις; n=1500)
Ομοπλασμικές (100%) 500bp–5kb	100%	100%
Ετεροπλασμικές (50%) 500bp–5kb	100%	100%
Ετεροπλασμικές (30%) 500bp–5kb	100%	100%
Ετεροπλασμικές (20%) 500bp–5kb	99.7%	100%
Ετεροπλασμικές (10%) 500bp–5kb	99.0%	100%

Δείκτες κάλυψης μιτοχονδριακής ανάλυσης

Δείκτης	Μέσος όρος διαμέσων	Διάμεσος διαμέσων
Μέσο βάθος αλληλούχισης MQ0 (κλινικό)	18224X	17366X
Νουκλεοτίδια με κάλυψη >1000x MQ0 (%)	100%
Κυτταρική σειρά ρ0 (=χωρίς mtDNA), μέσο βάθος	12X

Παρέχονται ολοκληρωμένες κλινικές αναφορές, σχεδιασμένες ώστε να προσφέρουν στους θεράποντες ιατρούς ουσιαστικές και αξιοποιήσιμες πληροφορίες. Η κλινική ερμηνεία απαιτεί στέρεη γνώση της κλινικής γενετικής και των γενετικών αρχών. Οι αναφορές συντάσσονται από ομάδες μοριακών γενετιστών, ειδικών ιατρών και άλλων έμπειρων επαγγελματιών, οι οποίοι αξιολογούν τις ταυτοποιημένες γενετικές παραλλαγές σε συνάρτηση με τα φαινοτυπικά δεδομένα που παρέχονται στο ιατρικό ιστορικό.

Στόχος είναι οι αναφορές να είναι κλινικά χρήσιμες και κατανοητές από όλους τους επαγγελματίες υγείας, ανεξάρτητα από το επίπεδο εκπαίδευσής τους στη γενετική. Κεντρικό ρόλο κατέχει η ταξινόμηση των παραλλαγών, η οποία καθορίζει την ερμηνεία και κατευθύνει τις αποφάσεις για τη διαχείριση των ασθενών. Η ταξινόμηση πραγματοποιείται σύμφωνα με τις κατευθυντήριες οδηγίες ACMG 2015. Παραλλαγές αλληλουχίας και αριθμού αντιγράφων που ταξινομούνται ως παθογόνες, πιθανώς παθογόνες ή αμφίβολης σημασίας (VUS), επιβεβαιώνονται με διπλής κατεύθυνσης αλληλούχηση Sanger ή με μεθόδους όπως qPCR/ddPCR, όταν οι ποιοτικοί δείκτες του NGS δεν επαρκούν για ένα αποτέλεσμα υψηλής αξιοπιστίας.

Σε κάθε αναφορά περιλαμβάνονται πίνακες με τις παραλλαγές στην αλληλουχία και στον αριθμό αντιγράφων, στους οποίους παρουσιάζονται βασικές πληροφορίες όπως γονιδιωματικές συντεταγμένες, ονοματολογία HGVS, ζυγωτία, συχνότητες αλληλίων, προβλέψεις in silico, φαινοτυπικές συσχετίσεις και η ταξινόμηση της παραλλαγής. Επιπλέον, παρέχονται αναλυτικές περιγραφές για την παραλλαγή, το γονίδιο και τους σχετικούς φαινότυπους, περιλαμβάνοντας τον ρόλο του γονιδίου στη νόσο, το φάσμα μεταλλάξεων, δεδομένα πληθυσμιακής συχνότητας και συσχετίσεις με παθολογικές καταστάσεις. Παρατίθενται επίσης βιβλιογραφικές αναφορές, περιλήψεις και βάσεις δεδομένων, ώστε να είναι δυνατή η περαιτέρω αξιολόγηση των ευρημάτων.

Οι αναφορές διαρθρώνονται σε δύο ενότητες: κύρια ευρήματα και πρόσθετα ευρήματα.

Κύρια ευρήματα θεωρούνται οι παραλλαγές που είναι γνωστό ότι προκαλούν νόσο ή οι σπάνιες παραλλαγές που μπορούν να εξηγήσουν τον φαινότυπο του ασθενούς. Στο συμπέρασμα συνοψίζονται όλα τα διαθέσιμα δεδομένα και παρατίθεται η τεκμηρίωση της ταξινόμησης.

Πρόσθετα ευρήματα περιλαμβάνουν παραλλαγές που, σύμφωνα με τα τρέχοντα δεδομένα, δεν επαρκούν για να εξηγήσουν τον φαινότυπο. Σε αυτά περιλαμβάνονται ετερόζυγες παραλλαγές σε γονίδια με αυτοσωμικό υπολειπόμενο πρότυπο, παραλλαγές αμφίβολης σημασίας σε αυτοσωμικά επικρατή γονίδια (όταν υπάρχει ήδη παθογόνος ή πιθανώς παθογόνος παραλλαγή που ερμηνεύει τον φαινότυπο), καθώς και αλληλόμορφα κινδύνου που ανιχνεύονται στα εξεταζόμενα γονίδια.

Η ανίχνευση παθογόνων ή πιθανώς παθογόνων παραλλαγών σε επικρατή νοσήματα ή ο συνδυασμός παραλλαγών σε αμφότερα τα αλληλόμορφα σε υπολειπόμενα νοσήματα θεωρείται μοριακή επιβεβαίωση της κλινικής διάγνωσης. Σε αυτές τις περιπτώσεις, ο έλεγχος συγγενών μπορεί να αξιοποιηθεί για εκτίμηση του κινδύνου. Δεν συνιστάται η χρήση των παραλλαγών αμφίβολης σημασίας (VUS) για οικογενειακή εκτίμηση του κινδύνου ή για λήψη κλινικών αποφάσεων. Η γενετική συμβουλευτική κρίνεται απαραίτητη.

Αναλύονται εκατομμύρια παραλλαγές από χιλιάδες περιστατικά σπάνιων νοσημάτων, με αποτέλεσμα να εμπλουτίζεται συνεχώς η βάση δεδομένων και η κατανόηση των σχέσεων παραλλαγών–φαινοτύπου. Με την πάροδο του χρόνου, παραλλαγές που είχαν αναφερθεί σε παλαιότερες αναφορές ενδέχεται να αναταξινομηθούν. Εάν κάποια παραλλαγή που είχε δηλωθεί ως κύριο ή πρόσθετο εύρημα αλλάξει κατηγορία (π.χ. από VUS σε παθογόνο/πιθανώς παθογόνο ή αντίστροφα) εκδίδεται επικαιροποιημένη αναφορά προς τον θεράποντα ιατρό χωρίς πρόσθετη οικονομική επιβάρυνση.