Ο έλεγχος BRCA1 / BRCA2 Πλήρης Γονιδιακή Ανάλυση με NGS είναι ένα γενετικό τεστ που πραγματοποιείται με την τεχνική της Αλληλούχισης Νέας (ή Επόμενης) Γενιάς - Next Generation Sequencing (NGS). Στοχεύει στην ανίχνευση μιας μετάλλαξης στην αλληλουχία που κωδικοποιεί τα γονίδια BRCA1 και BRCA2. Η συγκεκριμένη εξέταση επιτρέπει να προσδιοριστεί ο κίνδυνος ανάπτυξης καρκίνου του μαστού ή / και των ωοθηκών, που συνδέεται με τις συγκεκριμένες μεταλλάξεις στα γονίδια BRCA.
Περισσότερες Πληροφορίες
Ο εντοπισμός των μεταλλάξεων BRCA1 και BRCA2 είναι ζωτικής σημασίας για την αξιολόγηση του κινδύνου ενός ατόμου για κληρονομικό καρκίνο του μαστού και των ωοθηκών. Τα άτομα με μεταλλάξεις σε αυτά τα γονίδια μπορούν να εξετάσουν το ενδεχόμενο αυξημένης επιτήρησης, προληπτικών μέτρων ή στρατηγικών μείωσης του κινδύνου, όπως η προφυλακτική χειρουργική επέμβαση. Σε ορισμένες περιπτώσεις, η γνώση αυτών των μεταλλάξεων μπορεί επίσης να καθοδηγήσει τις αποφάσεις θεραπείας, ειδικά στο πλαίσιο στοχευμένων θεραπειών όπως οι αναστολείς PARP.
Ο γενετικός έλεγχος μπορεί να εντοπίσει τις μεταλλάξεις BRCA1 και BRCA2 και συνιστάται γενετική συμβουλευτική για άτομα με οικογενειακό ιστορικό καρκίνου του μαστού ή των ωοθηκών για να εκτιμηθεί ο κίνδυνος και να συζητηθούν οι κατάλληλες ενέργειες.
Δεν έχουν όλες οι μεταλλάξεις σε αυτά τα γονίδια τον ίδιο αντίκτυπο και ο συγκεκριμένος τύπος μετάλλαξης και η θέση μπορούν να επηρεάσουν το επίπεδο κινδύνου καρκίνου. Επιπλέον, τόσο γενετικοί όσο και περιβαλλοντικοί παράγοντες συμβάλλουν στον συνολικό κίνδυνο καρκίνου ενός ατόμου.
Τα BRCA1 και BRCA2 είναι δύο γονίδια που παίζουν κρίσιμο ρόλο στη διατήρηση της σταθερότητας του DNA στα κύτταρα. Μεταλλάξεις ή αλλοιώσεις σε αυτά τα γονίδια μπορούν να αυξήσουν σημαντικά τον κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών, καθώς και άλλων καρκίνων.
BRCA1 (γονίδιο καρκίνου του μαστού 1)
- Λειτουργία: Το γονίδιο BRCA1 είναι ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο που παίζει ρόλο στην επιδιόρθωση του DNA. Βοηθά στην αποκατάσταση του κατεστραμμένου DNA, αποτρέποντας τη συσσώρευση μεταλλάξεων που θα μπορούσαν να οδηγήσουν στην ανάπτυξη καρκίνου.
- Χρωμοσωμική θέση: Το BRCA1 βρίσκεται στο μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος 17 (17q21).
- Σχετιζόμενοι καρκίνοι: Οι μεταλλάξεις στο BRCA1 σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του μαστού, καρκίνου των ωοθηκών και άλλων καρκίνων, όπως ο καρκίνος του προστάτη και του παγκρέατος. Ο κίνδυνος καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών είναι ιδιαίτερα υψηλός σε άτομα με μεταλλάξεις BRCA1.
- Τρόπος κληρονομικότητας: Οι μεταλλάξεις BRCA1 συνήθως κληρονομούνται με αυτοσωματικό κυρίαρχο τρόπο. Αυτό σημαίνει ότι ένα άτομο με ένα μόνο μεταλλαγμένο αλληλόμορφο BRCA1 έχει αυξημένο κίνδυνο ανάπτυξης καρκίνου.
BRCA2 (γονίδιο καρκίνου του μαστού 2)
- Λειτουργία: Όπως και το BRCA1, το BRCA2 είναι επίσης ένα ογκοκατασταλτικό γονίδιο που συμμετέχει στην επιδιόρθωση του DNA. Είναι υπεύθυνο για την επιδιόρθωση των σπασίματος του διπλού κλώνου του DNA και το οποίο είναι ιδιαίτερα σημαντικό για τη διατήρηση της γονιδιωματικής σταθερότητας.
- Χρωμοσωμική θέση: Το BRCA2 βρίσκεται στο μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος 13 (13q13).
- Σχετικοί καρκίνοι: Οι μεταλλάξεις στο BRCA2 σχετίζονται με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του μαστού, καρκίνου των ωοθηκών και άλλων τύπων καρκίνου, όπως ο καρκίνος του παγκρέατος, ο καρκίνος του προστάτη και το μελάνωμα. Ο κίνδυνος καρκίνου του μαστού και των ωοθηκών είναι αυξημένος σε άτομα με μεταλλάξεις BRCA2.
- Τρόπος κληρονομικότητας: Οι μεταλλάξεις BRCA2 κληρονομούνται επίσης με αυτοσωματικό κυρίαρχο τρόπο.
Η αλληλούχιση επόμενης γενιάς (NGS) είναι μια νέα ισχυρή τεχνολογία που χρησιμοποιείται για την αλληλούχιση του DNA και με την οποία γίνεται και η ανάλυση των γονιδίων BRCA. Το NGS, γνωστό επίσης ως μαζική παράλληλη αλληλούχιση, είναι μια σύγχρονη τεχνολογία αλληλούχισης DNA που επιτρέπει την γρήγορη και αποδοτική ανάλυση του DNA, του RNA και άλλων νουκλεϊνικών οξέων. Έχει φέρει επανάσταση στη γονιδιωματική έρευνα και την κλινική διάγνωση λόγω της ικανότητάς του να αλληλουχεί ταυτόχρονα μεγάλες ποσότητες γενετικού υλικού.
Το NGS χρησιμοποιείται ευρέως στην ανάλυση των γονιδίων BRCA για πολλούς λόγους:
- Ανίχνευση μεταλλάξεων: Το NGS μπορεί να ανιχνεύσει μεταλλάξεις, συμπεριλαμβανομένων των σημειακών μεταλλάξεων και μεγάλων δομικών παραλλαγών, εντός των γονιδίων BRCA1 και BRCA2.
- Αλληλούχιση ολόκληρων γονιδίων: Το NGS επιτρέπει την αλληλούχιση ολόκληρων των γονιδίων BRCA1 και BRCA2, επιτρέποντας την ολοκληρωμένη ανάλυση, συμπεριλαμβανομένων τόσο των κωδικοποιητικών όσο και των μη κωδικοποιητικών περιοχών.
- Προσδιορισμός παραλλαγών: Το NGS μπορεί να εντοπίσει μεμονωμένες νουκλεοτιδικές παραλλαγές (SNVs), μικρές εισαγωγές ή διαγραφές (indels) και παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNVs) εντός των γονιδίων BRCA.
- Προφίλ όγκων: Το NGS χρησιμοποιείται για τη δημιουργία του προφίλ των όγκων. Αυτές οι πληροφορίες είναι πολύτιμες για την καθοδήγηση των αποφάσεων θεραπείας, ειδικά στο πλαίσιο στοχευμένων θεραπειών όπως οι αναστολείς PARP.
Η ανάλυση NGS των γονιδίων BRCA χρησιμοποιείται τόσο σε κλινικά όσο και σε ερευνητικά περιβάλλοντα. Στην κλινική, χρησιμοποιείται για γενετική συμβουλευτική και αξιολόγηση του κινδύνου, καθώς και για την καθοδήγηση των αποφάσεων σχετικά με προληπτικά μέτρα ή τις επιλογές θεραπείας για ασθενείς που διατρέχουν κίνδυνο. Στην έρευνα, το NGS είναι απαραίτητο για την κατανόηση της γενετικής των κληρονομικών καρκίνων, τη βελτίωση της πρόβλεψης κινδύνου και την ανάπτυξη νέων θεραπειών.
Ενώ η αλληλούχιση επόμενης γενιάς (NGS) έχει φέρει επανάσταση στις γενετικές εξετάσεις, συμπεριλαμβανομένης της ανάλυσης των γονιδίων BRCA1 και BRCA2, έχει ορισμένους περιορισμούς.
Πολυπλοκότητα της ερμηνείας των παραλλαγών: Το NGS μπορεί να εντοπίσει πολυάριθμες παραλλαγές στα γονίδια BRCA, συμπεριλαμβανομένων κοινών πολυμορφισμών και σπάνιων, δυνητικά παθογόνων μεταλλάξεων. Η διάκριση μεταξύ καλοήθων και νοσογόνων παραλλαγών μπορεί να είναι δύσκολη, απαιτώντας εκτεταμένες βάσεις δεδομένων και εξελιγμένα εργαλεία βιοπληροφορικής για την ερμηνεία των αποτελεσμάτων.
Ψευδώς θετικά και ψευδώς αρνητικά: Το NGS μπορεί να παράγει ψευδώς θετικά και ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα. Ψευδώς θετικά αποτελέσματα μπορεί να συμβούν όταν μια παραλλαγή αλληλουχίας αναγνωρίζεται εσφαλμένα ως παθογόνος, οδηγώντας σε περιττό άγχος ή παρεμβάσεις. Τα ψευδώς αρνητικά μπορεί να χάσουν κλινικά σημαντικές μεταλλάξεις, με αποτέλεσμα την αποτυχία εντοπισμού ατόμων που διατρέχουν κίνδυνο.
Αβέβαιη κλινική σημασία: Ορισμένες γενετικές παραλλαγές μπορεί να έχουν αβέβαιη κλινική σημασία, πράγμα που σημαίνει ότι δεν είναι σαφές εάν συμβάλλουν στον κίνδυνο εμφάνισης της νόσου. Αυτές οι παραλλαγές συχνά κατηγοριοποιούνται ως «παραλλαγές αβέβαιης σημασίας» (VUS), καθιστώντας δύσκολο για τους ειδικούς να παρέχουν σαφή καθοδήγηση σε ασθενείς με τέτοιες παραλλαγές.
Παραλλαγές Αριθμού Αντιγράφων (CNVs): Το NGS μπορεί να έχει περιορισμούς στην ακριβή ανίχνευση μεγάλων CNVs στα γονίδια BRCA. Άλλες τεχνικές, όπως η ενίσχυση ανιχνευτή εξαρτώμενη από πολυπλεξία (MLPA), μπορεί να χρειαστούν για να συμπληρώσουν το NGS στον εντοπισμό τέτοιων παραλλαγών.
Δείτε επίσης: BRCA1 / BRCA2, Πλήρης Γονιδιακή Ανάλυση με NGS και MLPA
Παρά τους περιορισμούς αυτούς, το NGS παραμένει ένα πολύτιμο και ισχυρό εργαλείο για την ανάλυση των γονιδίων BRCA και τον γενετικό έλεγχο. Οι εξελίξεις στη βιοπληροφορική, την ερμηνεία των δεδομένων και τις διαδικασίες ελέγχου ποιότητας συνεχίζουν να βελτιώνουν την ακρίβεια και την αξιοπιστία των αποτελεσμάτων του NGS, καθιστώντας το απαραίτητη τεχνολογία για την αξιολόγηση του κινδύνου του κληρονομούμενου καρκίνου και την καθοδήγηση των κλινικών αποφάσεων.
Η ανίχνευση παθογόνων/πιθανώς παθογόνων μεταλλάξεων επιβεβαιώνεται με αλληλούχιση κατά SANGER.
